Desde la Conquista la educación pasó por diferentes ciclos, caracterizados por el predominio de la domesticación dogmática desde los claustros de comunidades religiosas que se asentaron en centros de poder colonial como Santafé de Bogotá, Popayán y Cartagena, y los intentos de impulsar una educación moderna y laica, más ligada a la observación e investigación, en auge después de la Ilustración, el triunfo de las revoluciones en los Estados Unidos y Francia y el proceso de Independencia en América hispana.
Un sector de gobernantes de la naciente República era consciente que desde que en tiempos de Isabel, la Católica, expulsaron a los judíos sefardíes y moros —los únicos que trabajaban en oficios productivos—, el reino había quedado en manos de la nobleza, los soldados e hidalgos, enemigos totales del trabajo y los oficios manuales por considerarlos deshonrosos, y la restringida educación estaba dominada por el catolicismo fanático, que para su sostén, la España de la Contrarreforma trasplantó a sus colonias, junto a la Inquisición, el ejército, los tribunales, leguleyos y burócratas, encargados de imponer las jerárquicas instituciones feudales que predominaban en la metrópoli.
Durante gran parte del siglo XIX, cuando el Estado y después departamento del Cauca ocupaba una tercera parte del territorio del país, Popayán conservó la importancia heredada de haber sido el principal centro esclavista del país y eje de la producción aurífera de la Nueva Granada y en cuya ciudad, con el oro de los reales de minas cercanos, acuñaban moneda, vivían las familias más acaudaladas del país, como los Arboleda y Mosquera emparentadas con las elites de Santafé y Cartagena, propietarias de tierras y minas, desde la costa pacífica de Nariño hasta el Chocó y con varios de sus vástagos, con estudios en lenguas, teología, leyes, y otras disciplinas, hechos en Quito, Santafé y Europa y además participando activamente en la agitada y guerrera lucha política y al mando de ejércitos en disputa por el poder y en la jerarquía de la Iglesia católica.
En el caso de la Universidad del Cauca, fundada en 1827, junto a la de Cartagena y colegios públicos como el Santa Librada, en Cali y otras ciudades, cuando el vicepresidente Santander reemplazaba a Bolívar, obedeció al intento de promover las ideas del libre cambio y nuevos sistemas pedagógicos en la educación, aplicados por Bentham, en Inglaterra y otros países con mayor desarrollo científico e industrial y los cuales buscaban aprovechar los inmensos recursos naturales y la población de las nacientes repúblicas, para hacer jugosos negocios en una economía estancada por el monopolio de la industria y comercio que férreamente ejerció España y cuyo rechazo había generado la Revolución de los Comuneros.
Después de la Independencia sobrevino un agitado periodo de inestabilidad política y ambiciones de poder de numerosos caudillos que se embarcaron en sucesivas guerras civiles. La administración y orientación de la educación no estuvo al margen de las disputas entre los que buscaban mantener las obsoletas instituciones heredadas del imperio y quienes como Santander, Tomás Cipriano de Mosquera y otros habían viajado por Francia, Inglaterra, el imperio Austro-húngaro y Estados Unidos y bregaban por modernizar el país, explorar y cartografiar su territorios e inventariar sus riquezas de fauna, flora y minerales, mediante el patrocinio de expediciones como las adelantadas por el italiano Agustín Codazzi, patrocinada por el gobierno de Tomás Cipriano de Mosquera, y así, quitarle a curas y monjas el manejo exclusivo de la educación, dedicada a enseñar a rezar rosarios, echarse bendiciones y aprender de memoria.
Intentaban promover el método científico y el estudio de la Biología, Física, Química, Matemáticas avanzadas y otras ciencias que apalancaban la Revolución Industrial en auge durante el siglo XIX. Con la aprobación en la Constitución de Rionegro de 1863, cuando triunfa el federalismo y “el derecho de suprema inspección sobre los cultos religiosos”, por parte del Estado, ante la oposición de la jerarquía religiosa y los dirigentes ultraconservadores que por prejuicios religiosos y apego a la tradición camandulera de España no aceptaron la contratación de profesores alemanes, ingleses y franceses traídos al país para transmitir nuevas pedagogías y enseñar ciencias modernas. En 1876 y 1877, los liberales radicales, entre ellos el autor de María, Jorge Isaacs, imbuido del espíritu de héroes románticos, junto a su copartidarios se fue a la guerra civil defendiendo el derecho a la educación laica y al gobierno liberal de Aquileo Parra, atacado por ejércitos de conservadores de Cauca, Santander, Cundinamarca y Boyacá, quienes apoyados por la Iglesia, luchaban por mantener la hegemonía de la educación religiosa.
