Uno de los generales más reconocidos como ficha clave en la política de Seguridad Democrática en el gobierno de Álvaro Uribe, el general Mario Montoya se acogió a la JEP. Con esta decisión da una señal sobre su presunta responsabilidad en casos de falsos positivos en las jurisdicciones de Valledupar y Santa Marta y por los excesos de la Fuerza Pública bajo su dirección en la toma de la Comuna 13 en Medellín, casos por los cuales lo investigaba la Corte Suprema de justicia y se vio forzado a renunciar a su embajada en República Dominicana para encarar la justicia. Es el militar de más alto cargo en aceptar la justicia especial para juzgar hechos relacionados con el conflicto armado.
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