El magistrado Jorge Pretelt fue clave para que el Coronel pague su condena en una cárcel especial y no en una celda en La Picota. Los familiares de los desaparecidos del Palacio de Justicia interpusieron una tutela para solicitar que el Coronel Alfonso Plazas Vega cumpliera la condena de 30 años en una cárcel ordinaria como La Picota y no una especial como es la Escuela de infantería del ejército donde está recluido. La tutela terminó en manos de Pretelt, quien fue el ponente del falló y contó con el voto de Alberto Rojas Ríos para negarla, mientras que Nilson Pinilla se declaró impedido. El 18 de junio de 2013 quedó cerrado el caso y asegurada la detención del coronel Plazas Vega en una cárcel especial pese a haber sido condenado por la justicia ordinaria. Su esposa, la senadora del Centro Democrático Tania Vega fue la primera en reconocer que han sido varias las decisiones del magistrado en el caso Plazas Vega, razón por la cual se declaró impedida para votar la solicitud de licencia que presentó el magistrado que finalmente le fue negada.
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