El presidente Santos acogió la posición de su Ministro de Justicia Alfonso Gómez frente a las medidas cautelares y firmó la destitución del alcalde. Gómez Méndez había dicho que esta decisión no era más que un "consejo, una recomendación” porque en realidad en Colombia hay un Estado de derecho, con una institucionalidad sólida que hay que respetar y que a Petro se le garantizaron todas las instancias y sus derechos a la defensa. Este argumento lo complementó el ministro diciendo que las atribuciones de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) no aparecen mencionadas en el "Pacto de San José", sino únicamente en el reglamento interno de la Comisión.
Gómez Méndez se expresó en contravía al fiscal Eduardo Montealegre quien dijo que no adoptar las medidas sería una violación de los compromisos internacionales que históricamente Colombia ha cumplido, y que esta decisión acarrearía consecuencias políticas relevantes en términos internacionales para el País. Aunque en estricto sentido, la decisión de la Comisión no exige la adopción de las medidas cautelares, Colombia tradicionalmente ha acatado la mayoría de los fallos de la CIDH de manera inmediata, y la Corte Constitucional ha dicho desde hace al menos diez años que este tipo de medidas cautelares son obligatorias.
El presidente Santos consultó los partidos políticos y a más de 18 abogados que se reunieron con él en la Casa de Nariño antes de tomar la decisión y se la jugó por el respaldo a la institucionalidad colombiana. Sin embargo esta decisión tiene un trasfondo político cuyas cartas ya había mostrado el vicepresidente Germán Vargas Lleras cuando arrancó su campaña, luego apoyado por el propio Santos en los barrios populares de Bogotá. Claramente el partido liberal, así tenga ropaje de la U y de Cambio Radical, planea retomar a Bogotá y por esta razón el escogido para ejercer como alcalde encargado fue Rafael Pardo, de las entrañas liberales. Pardo permanecerá en el cargo hasta que los Progresistas presenten una terna de la cual el presidente escogerá quién gobernará la capital durante 90 días, mientras se convoca a nuevas elecciones.
Los nombres que suenan para la terna de los Progresistas son: El concejal Carlos Vicente DeRoux, la Secretaria de Medio Ambiente Susana Mohamad y el exsecretario de gobierno Guillermo Alfonso Jaramillo.
