A principios de septiembre el excomandante de las Autodefensas Unidas de Colombia, Salvatore Mancuso, afirmó que el hoy embajador de Colombia en Estados Unidos fue cercano a ese grupo armado. En un texto denunció que hay amenazas contra él para que no hable y, dijo lo siguiente: Como venganza criminal y para callarme fui extraditado, debido a que relaté como colaboradores, funcionarios cercanos al gobierno del presidente Álvaro Uribe, como Francisco Santos hoy embajador de Colombia en Estados Unidos, José Miguel Narváez, sub director del DAS, quien tuvo responsabilidad en la muerte de Jaime Garzón, de Pedro Juan Moreno amigo personal y Secretario de Gobierno de la Gobernación de Antioquia, fueron personas muy cercanas con las Auc. También narré lo referente a algunas situaciones que se presentaron con el mismo presidente Uribe"
Por esto el expresidente Ernesto Samper Pizano reconvino a Santos y le pidió regresar al país a dar la cara en este trino:
Parece que @PachoSantosC debería regresar al país para responder por muchos temas que hoy preocupan. Las declaraciones de Mancuso. Su conversación con la Canciller antes de su nombramiento. Y ahora, por si faltara algo, su intervención a favor de Trump en la campaña presidencial.
— Ernesto Samper P. (@ernestosamperp) October 30, 2020
