Rubén Darío Pinilla carga con el rótulo de ser el magistrado de Justicia y Paz que decidió investigar al expresidente Álvaro Uribe Vélez por sus posibles vínculos con el paramilitarismo en Antioquia. Primero fue por la responsabilidad que podría tener en las masacres de El Aro y La Granja en 1997 cuando era gobernador de Antioquia. Luego como Presidente de Colombia, cuando ordenó la Operación Orión en Medellín, en donde murieron más de 80 personas y hoy todavía hay 300 desaparecidos.
Hace 17 años las Fuerzas Armadas, en coordinación con los paramilitares del Bloque Cacique Nutibara, la IV brigada del Ejército, entonces comandada por el general Mario Montoya, y la Policía Metropolitana de Medellín, encabezada por el general Leonardo Gallego, entraron a la Comuna 13 de Medellín para adelantar la operación militar más grande en una ciudad que también sería el broche de cierre de una serie de 5 intervenciones en los últimos seis meses en contra de la guerrilla que estaba reclutando militantes en los barrios de la capital paisa: Otoño, Contrafuego, Mariscal, Potestad y Antorcha.
Este hecho fue investigado por Pinilla, quien además ordenó compulsar copias contra Montoya y Gallego, y después de renunciar al Tribunal de Justicia y Paz, aseguró que "tuvieron una absoluta responsabilidad en esa operación".
