El desafío de mantener la calidad en plena pandemia donde toda la educación estuvo virtual, en las regiones fue mucho más difícil. De los 25 colegios que obtuvieron las calificaciones más bajas en las Pruebas Saber 11, 9 están localizados en el departamento del Chocó, 3 en Antioquia, 2 en Boyacá, y los demás en Nariño, Risaralda, Bolívar, Valle y Cauca. El que tiene las calificaciones más bajas es la Sede Indígena Seku-Ape-Yuwano en el Cesar.
Del ranking 23 son públicos, 9 son especialmente dedicados a la población indígena y dos tienen enfoque rural. Este es el listado:
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