La ambiciosa Ley de Equilibrio de Poderes, una reforma constitucional que marcó la agenda legislativa del 2015 y fue el proyecto bandera del presidente Santos, quedó enterrada por una decisión de la Corte Constitucional en respuesta a una demanda del exfiscal Eduardo Montealegre. Un fallo del magistrado Luis Guillermo Guerrero dejó sin piso la posibilidad de crear un tribunal de aforados que remplazaría a la Comisión de Acusación de la Cámara de Representantes, y que juzgaría al Presidente, a los magistrados de las altas cortes y al Fiscal General. Este punto era el espíritu de la reforma que impulsó como ministro, el ahora Fiscal, Néstor Humberto Martínez. Según la Corte Constitucional el trámite de la ley no cumplió con las reglas establecidas en el Congreso.
Durante su último tramo en la Fiscalía, Eduardo Montealegre demandó la reforma tomando la bandera del sector judicial que se sentía debilitado con los cambios incluidos en la ley de equilibrio de poderes. Finalmente, la Corte le dio la razón a Eduardo Montealegre y la reforma no pudo cambiar la forma de juzgar a los poderosos del sector judicial y al propio Presidente de la República. Es la segunda vez que una reforma a la justicia del presidente Santos termina enterrada. Ya sucedió con la reforma a la justicia que tuvo que retirar de manera forzada y le costó el puesto al exministro Juan Carlos Esguerra.
