Mario Montoya quien fue comandante de las Fuerzas Militares entre 2006 al 2008 durante el segundo mandato de Álvaro Uribe pidió ser juzgado por la Justicia Especial para la Paz para lo cual firmó voluntariamente el acta de sometimiento. Montoya fue también comandante de la IV Brigada con sede en Medellín entre el 2001 y el 2003 y renunció a la comandancia de las FFMM en protesta por el despido de 27 jefes militares acusados por casos de falsos positivos en Soacha. Enfrenta diez procesos judiciales por actuaciones de la tropa bajo su mando en distintas zonas del país.
En el 2009 fue nombrado por el expresidente Uribe Embajador en República Dominicana, cargo del que tuvo que renunciar forzado por el testimonio de alias Don Berna ante una corte en Estados Unidos en el que lo señaló responsable de la Operación Orión en la Comuna 13 en la que murieron entre 88 y 100 personas, El paramilitar afirmó que ésta había sido coordinada entre el Ejército y paramilitares a su mando en Medellín.
