Antes de dedicarse a ser dirigente de fútbol, Eduardo Méndez primero fue abogado litigante que inició desde abajo en el mundo del derecho. Fue notificador en juzgados de Bogotá, escribente, secretario hasta que llegó a ser incluso juez encargado de la Rama Judicial y luego defensor de policías y miembros del DAS, por los que empezó a hacer buen dinero.
Ahí inició su relación con paramilitares y narcotraficantes que vieron en Méndez un buen abogado que los sacaba de problemas, pero él era el que terminaba metido. La primera vez que estuvo en una cárcel por culpa de un narco fue en 1994 cuando Fernando Montañez se fugó de la cárcel y estuvo año y medio en La Modelo sindicado de fuga de presos y favorecimiento de fuga.
En la cárcel se enganchó al fútbol al hacerse amigo de César Villegas Arciniegas, expresidente de Santa Fe que también estaba preso, salpicado por el proceso 8000. Cuando asesinaron a Villegas en 2002 la familia, dueña de la mayor parte del equipo, confió en Méndez para hacerlo presidente y sacar al equipo de la crisis económica, administrativa e institucional que atravesaba.
Bajo su mando Santa Fe regresó a finales y aunque no las ganó pudo darse un respiro con una política muy austera y de fuerte inversión que recuperó al club. Sin embargo, en 2007 llegaría su segundo lío con clientes, cuando le avisó a su cliente, el narcotraficante Rafael Caicedo que lo iban a capturar para que se escapara. La justicia norteamericana lo condenó por obstrucción de justicia por la que habría recibido una millonaria suma de dinero, según La Silla Vacía.
Luego de sus años en Estados Unidos, regresó a Colombia con la intención de seguir ligado al fútbol y fue presidente del Unión Magdalena, al que logró ascender a primera división luego de 13 años. Con la misión cumplida allí, regresó a Santa Fe para arreglar la crisis en la que Juan Andrés Carreño lo dejó, con deudas superiores a 5 millones de dólares.
En dos años que lleva nuevamente en el cargo logró mejorar las finanzas del equipo, pero los éxitos deportivos no llegan y los hinchas piden su salida de la dirigencia de Santa Fe. El último fracaso se consumó este semestre con la no clasificación a los ocho que se pelearan el segundo título del 2021, donde en agosto echó a Harold Rivera de su puesto como técnico por malos resultados y puso a dirigir a Grigori Méndez, su sobrino, sin éxito alguno.
