El artículo del New York Times sobre las cuestionadas directrices dentro del ejército que revivirían los falsos positivos prendió las alarmas dentro del gobierno Duque. Inmediatamente el ministro de Defensa salió a responder ante la publicación del diario norteamericano en una rueda de prensa, negando todas las afirmaciones que se hacían en la publicación. Sin embargo, de manera discreta, se movió junto al canciller Carlos Holmes Trujillo para enviar esta al editor Dean Baquet haciéndole varios reclamos por las afirmaciones que se hacen en el artículo.
Sin embargo, Dean Baquet respondió ante la carta puntualizando uno por uno los reclamos de Trujillo y Botero, y en una clase de periodismo volvió sobre el mismo artículo para usar las fuentes que manejó el Nicholas Casey, el periodista autor de la investigación que incluso salió del país tras los señalamientos de la senadora uribista María Fernanda Cabal. El New York Times se aparta en su carta de cualquier coyuntura política para entrar a discutir con el gobierno, y le recordó que son un medio de comunicación que no tiene agenda política ni militan ideológicamente en algún bando.
La carta del editor ejecutivo del New York Times se suma al duro editorial publicado el día de hoy en que se cuestiona el papel del gobierno Duque frente a la implementación: la crítica es clara, el presidente no está comprometido con el acuerdo y lo está saboteando junto a sus aliados de derecha.