En medio de la pandemia, el presidente decidió darle una consejería especial para la vicepresidenta Marta Lucía Ramírez, un equipo que le manejaría la agenda legislativa y coordinaría la gestión de la vicepresidencia con los otros ministerios. Además, creó la consejería de Gestión y Cumplimiento y designó a Alejandra Botero, nieta del expresidente Virgilio Barco. El proyecto le duró solo un año a Duque, ahora se eliminará la consejería de la vice y la de Asuntos Políticos mientras que fusionará la de Asuntos Económicos con la de Gestión de Cumplimiento la cual estaba sin director, Botero se va al Departamento Nacional de Planeación (DNP).
Por la consejería de Asuntos Políticos pasó Karen Abudinen quien en ese entonces también era consejera para las Regiones, cuando saltó a minTIC, Federico Hoyos la reemplazó, pero solo duró un año en el cargo. Desde entonces, la jefa de gabinete, María Paula Correa, tenía la última palabra en todas las decisiones que se tomaban en la consejería de Asuntos Políticos. Con la reestructuración interna, el gobierno se ahorrará más de dos mil millones de pesos.