Fernando Ruiz fue el único de los ministros de Iván Duque que pasó con nota alta en su cartera de Salud, cargo al que llegó en marzo de 2020. Por eso, su nombre fue postulado para presidir la Organización Panamericana de la Salud (OPS). Sin embargo, su vieja pelea con Carolina Corcho, nueva ministra de Salud, le pasó factura y terminaron retirando su postulación al cargo que sería elegido a finales de septiembre y en el que estaría atornillado hasta 2028.
La ministra Corcho fue una de las grandes detractoras de Ruiz por el manejo de la pandemia, y como tal fue la voz vigilante de la atención al covid y de la vacunación. Además, como vicepresidenta de la Federación Médica Colombiana apoyó el paro de la salud y alzó siempre su voz en contra de la reforma del sector, el proyecto que su antecesor avanzaba en el Congreso en paralelo a la Reforma Tributaria del ministro Alberto Carrasquilla. Estas discrepancias contra la gestión de Fernando Ruiz pesaron más y lo sacaron de la carrera por la presidencia de la OPS. Esta es la carta que el exministro Fernando Ruiz al canciller Álvaro Leyva:
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