Reinaldo Rueda quería que lo operaran en diciembre pero se le atravesó el Mundial de Clubes. El dolor de la cadera se acentuó aún más después de que al elenco paisa lo eliminara un desconocido equipo japonés negándole la posibilidad de jugar la final contra el Real Madrid. Fue la última vez que el mejor Nacional de los últimos 25 años jugaba juntos. Después las estrellas Alejandro Guerra, Orlando Berrío y Miguel Angel Borja se unirían a sus clubes en Brasil. A principios de enero de este año, después de recibir el premio al mejor entrenador de América en Uruguay, Reinaldo Rueda decidió someterse a lo inaplazable. La cavidad de la cadera que se une con el extremo superior del fémur estaban deteriorados por la osteoartrosis que lo venía torturando desde hacía meses. Le pusieron una prótesis pero el tiempo de reposo se alargaría por ocho semanas. Él le había dejado la misión a su mano derecha, Bernardo Redín, para cuidar el equipo. Nunca sospechó que en el tiempo de su ausencia el Nacional sería sacudido por un terremoto institucional.
El 28 de marzo del 2017 renunció sorpresivamente el gerente del club Juan Carlos de la Cuesta y Gastón Pezzuti dio un paso al costado a la comisión técnica. Con De La Cuesta el equipo paisa ganó seis campeonatos nacionales y una Copa Libertadores. Ningún presidente había ganado tanto. En su lugar llegó Andrés Botero quien venía de estar al frente de Coldeportes saliendo de la institución justo cuando explotó el escándalo de los Juegos Nacionales de Ibagué. Sin embargo lo que más desestabilizó al equipo fue la llegada de Juan Pablo Ángel como asistente técnico de Bernardo Redín.
Dos medidas tomó el ídolo verde que demostró el poder que tenía dentro de la institución: uno, asumir el control del recién estrenado Centro de Alto Rendimiento en Guarne. La otra medida fue la que más enfureció a Reinaldo Rueda; sugerir como preparador físico a un inglés que el delantero conoció en las seis temporadas que estuvo en el Aston Villa, para reemplazar a Carlos Velasco, un hombre que acompañó a Rueda en buena parte de los 25 años que lleva como técnico. Estando convaleciente de la cirugía que le hicieron en el Centro Médico Imbanaco y ya quería ponerse la sudadera y volver a dirigir a sus muchachos. Logró frenar la destitución de Velasco gracias a la estrecha relación que sostiene con Antonio José Ardila y buena parte de la junta directiva. Sin embargo, una de las cosas de las que se arrepiente Rueda fue no haber renunciado al equipo después de haberse perdido los primeros 42 días de esta temporada.
Cuando regresó el ambiente estaba enrarecido. La mano de Ángel había quedado flotando en el ambiente. Lo que había proyectado Rueda con Victor Marulanda, el gerente deportivo, un proyecto de tres años –el tiempo que Rueda había pensado renovar- estaba destruido. Resignado, el 28 de abril se encerró con la Junta Directiva y fue claro: al final de la temporada se iría del equipo.
El mal ambiente no influyó en el gran rendimiento del Nacional en el torneo local quien incluso no solo logró el campeonato sino que hizo un nuevo record de puntos. A Rueda le desmantelaron el equipo pero aun así logró levantar a sus muchachos justo después de la dolorosa caída contra el Cali en Palmaseca. En Medellín, en la vuelta, Nacional aplastó 5-1 al Cali. La gente solo coreaba un nombre, el de Reinaldo Rueda quien, con los ojos reventados por el llanto, le agradeció a la barra que nunca dejó de corearlo.
Sus números avalan ese fervor: dirigió 147 partidos de los que ganó 85, empató 39 y perdió 23. Ganó 2 ligas, una super liga y una Copa Colombia además de una Copa Libertadores y una Recopa. Además, convirtió al Nacional en el mejor equipo del continente. La gente no lo olvidará fácilmente así llegue en su reemplazo Juan Manuel Lillo, un alumno aventajado de Josep Guardiola y regrese al equipo el mítico y amado René Higuita.
