La primera presidenta de la JEP, Mirtha Patricia Linares, fue designada por el Comité de Escogencia por tener un perfil que se ajustaba a la esencia de la Justicia Transicional. Es investigadora y tiene una especialización en Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario de la Universidad de Washington. Tiene una maestría en Administración Pública en la Universidad de Alcalá de Henares. Trabajó en le Rama Judicial, pero desde el 2013 es asesora de la Dirección del Centro de Memoria Histórica, lo que ha despertado la indignación del Centro Democrático. Para Álvaro Uribe y sus copartidarios que Patricia Linares haya recibido un sueldo del Estado hace que ella no pueda juzgar de manera imparcial a los que se acojan a la JEP,; también trabajó en el proceso de Justicia y Paz. Ha sido profesora de la Universidad Nacional, la Tadeo, los Andes y el Externado.
Parte de su carrera la ha hecho en el extranjero, y por eso tiene relaciones fuertes con organismos internacionales: es consultora del Concejo Noruego para los Refugiados y Consultora de ONU Mujeres. En estos organismos conoció el valor de la Justicia Restaurativa para lograr el perdón , y por eso ya ha manifestado que ese será el enfoque que quiere buscar en las discusiones de la JEP. Si bien faltan por lo menos dos meses para que arranque el sistema de Justicia Especial para la Paz, Mirtha Patricia Linares ha tenido enfrentar su primer reto: permitir o no en las discusiones judiciales que se pronuncien los miembros de la JEP con posiciones en el pasado expesadas publicamente o convertir éstas en un impedimento frente a casos concretos. Su posición parece ser poco restrictiva frente a estos magistrados en cuanto sus posturas fueron de carácter personal. .
