Desde la posesión de Patricia Linares en la Presidencia de la JEP en septiembre de 2017, se evidenció su pretensión de controlar la ejecución de los recursos destinados para el funcionamiento de la Justicia Especial para la Paz, pieza clave del Acuerdo de paz con las FARC y que no ha podido arrancar. La responsabilidad como ordenador del gasto estaba en cabeza del magistrado Néstor Raúl Correa, el arquitecto de la nueva institución, quien se hizo a un lado de su magistratura en el Consejo Nacional de la Judicatura para asumir la responsabilidad que le encargó Naciones Unidas en septiembre de 2016.
El costo de poner a andar la JEP ha alcanzado los USD $4 millones y ha sido asumido por la cooperación internacional. Entre los ajustes que le hizo el Congreso al órgano de la justicia transicional, el secretario ejecutivo perdió autonomía e independencia, situación que le abrió la puerta a la Comisionada Linares para intentar tomar el control administrativo de la entidad que va a presidir y que aún no despega.
