Horas después de que el Tribunal superior de Medellín sentenciara a 30 años de prisión a los hermanos Francisco y Jaime Angulo Osorio por la masacre de 20 campesinos en el Aro y La Granja y se le compulsaran copias, por tercera vez en cinco años, al entonces gobernador de Antioquia Álvaro Uribe Vélez por estos hechos, el líder del Centro Democrático señalaba al exmagistrado del Tribunal Superior de Medellín, Rubén Darío Pinilla Cogollo, como el gran gestor de una supuesta persecución contra él. No tardo en expresarse en su cuenta de Twitter:
La pugna por diferencias ideológicos y de visiones del país viene de tiempo atrás. Desde los años 70 en la aulas de la Universidad de Antioquia cuando ambos eran estudiantes de derecho y Carlos Gaviria uno de sus profesores más admirados. Estaba en las antípodas. Mientras el monteriano Pinilla Cogollo era un entusiasta de la Anapo, Uribe militaba en las juventudes liberales. Se encontraron en varios debates sin importar que Pinilla fuera dos años menor que el ex presidente. A Uribe le gustaban los boleros y la música tropical de la época, como los hispanos o los graduados, mientras Pinilla seguía a Juan Manuel Serrat y disfrutaba del fútbol. Era un hincha furibundo de Millonarios.
Su ascenso fue meteórico: a los 22 años, mientras Alvaro Uribe era director de Aerocivil, Pinilla Cogollo se transformó en juez de la República. La acusación de Uribe, que el abogado de Montería perteneció en el año 1979 a la guerrilla del M-19, se basa a rumores replicados en portales como Periodismo sin Frontera del periodista Ricardo Puentes. El ex dirigente del M-19 y ex diputado de la Asamblea de Antioquia, Augusto Osorno Gil, negó en noviembre del 2015 que tuviera algún tipo de vinculación con el grupo guerrillero.
Magistrado a los 33 años, Pinilla Cogollo tuvo una gran frustración al no conseguir los votos necesarios para llegar a la Corte Suprema de Justicia. Sin embargo, desde el Tribunal de Medellín y en la Sala de Justicia y Paz, logró figuración nacional. En enero del 2012 fue el protagonista de una protesta por la decisión de trasladar al Caquetá a Patricia Hernández, funcionaria encargada de llevar los casos de Diego Fernando Murillo Bejarano, alias Don Berna. En abril de ese mismo año le pidió perdón a los familiares de 300 víctmas de los paramilitares y que fueron enterradas en la Escombrera, en plena Comuna 13 de Medellín. Pinilla se mostró allí como un juez rebelde al declarar ante la televisión que el no quería pertenecer a una justicia que siempre había sido complaciente con el poder. Después de esta declaración compulsó copias a la Fiscalía que enredaban al general Mario Montoya, Comandante de la Cuarta Brigada que lideró la operación Orion, el operativo militar que se llevó a cabo entre los días 16 y 17 de octubre del 2002 –con apoyo de las AUC- y que tuvo como resultado la muerte de seis civiles.
En el 2013, siguiendo las declaraciones de Don Berna, el magistrado Pinilla encontró razones suficientes para que se investigara a Alvaro Uribe Velez por supuesto patrocinio de Paramilitarismo y su vinculación con las masacres del Aro, Ituango y la muerte del defensor de derechos humanos José María Valle, ocurridas mientras fue Gobernador de Antioquia. Cuatro años duraron las acusaciones hasta que, en julio del 2017, Pinilla Cogollo renunció al Tribunal Superior de Antioquia en uso de su buen retiro.
Seis meses después el caso tomó vida nuevamente y el Tribunal Superior pidió que se continuara la investigación, ya no como proceso de justicia paz sino dentro de la justicia civil. Una decisión con implicaciones judiciales importantes. Ante estas acusaciones Uribe respondió: “Ahí están la bitácora del helicóptero de la Gobernación de Antioquia, los testimonios de los pilotos, discutí con Jesús María Valle, de frente y en público, como suelo hacerlo, en defensa del general Carlos Ospina y en vísperas de elecciones vuelven a insinuarme como asesino”. Con este mismo argumento se ha defendido continuamente pero lo cierto es que no han convencido a los magistrados del tribunal de su tierra, Antioquia, para cerrar el expediente.