Cuando en el 2001 Juan José Bellini salió de la cárcel, el país pensó que nunca volvería a trabajar con la Federación Colombiana de Fútbol, de la que fue presidente entre 1992 y 1995. Su salida de la entidad fue escabrosa. En julio de 1995 el Bloque de Búsqueda llegó al edificio Colinas de Santa Rita al occidente de Cali, propiedad de Miguel Rodríguez Orejuela quien se encontraba en el piso ocho. Usando una pared falsa de su baño principal logró evadir a la policía. Sin embargo ese allanamiento sería el principio del fin para Juan José Bellini. En el apartamento encontraron tres maletines en donde Rodríguez Orejuela guardaba celosamente todos los registros de pagos. En el Libro Número 1 encontraron el nombre J.Belli a quien, según esas cuentas, el Cartel de Cali le había hecho dos pagos entre febrero y marzo de 1995 por más de 200 millones de pesos. Bellini, al no poder responder por esa plata, fue condenado a seis años de prisión que pagó en la Cárcel de Palmira.
Sí, cuando salió libre nadie pensó que volvería a reengancharse. Su figura representaba la época más oscura de lo que el Ministro de Justicia Rodrigo Lara Bonilla denominado en 1983 el Narco Fútbol. Sin embargo un año después de salir de la cárcel de Palmira se convirtió en el discreto asesor del dirigente pereirano en la DIMAYOR Luis Bedoya entre los años 2002 y 2006 tiempo en el que recibió $68 millones, una cifra que aumentaría a $633 millones entre el 2006 y el 2015 con Ramón Jesurum y en los dos años que estuvo con José Fernando Perdomo la cifra llegó a los $235 millones. Bellini no sólo sigue siendo un hombre influyente en la Federación sino que es empresario de jugadores y asesora a clubes.
A sus 73 años su experiencia en el fútbol es basta. Cuando Lara Bonilla denunció la infiltración de dineros del narcotráfico, el 21 de octubre de 1983, afirmando que "Los equipos de fútbol profesional en poder de personas vinculadas al narcotráfico son Atlético Nacional, Millonarios, Santa Fe, Deportivo Independiente Medellín, América y Deportivo Pereira". Bellini ya formaba parte del Consejo Directivo de la Dimayor. Él, junto a otros dueños de clubes que después serían condenados por narcotráfico como Hernán Botero, presidente del Nacional o Eduardo Dávila Armenta, del Unión Magdalena, negó todas las acusaciones del Ministro. Desde esa época ya era un hombre de confianza de los Rodríguez Orejuela, quienes, después de intentar comprar acciones en el Deportivo Cali, se fueron con sus millones al América de Cali club que compraron en 1981. Transformaron a la Mechita, un club que siempre disputaba el último puesto de la tabla de posiciones con el Cúcuta Deportivo y el Deportes Tolima, en finalista por tres veces consecutvas de la Copa Libertadores de América.
Era tanta la cercanía con los jefes del Cartel de Cali que lo escogieron como presidente del Club en 1987. A Bellini los Rodríguez Orejuela lo llamaban Bom-Bom-Bum. Confiaban plenamente en su criterio futbolístico. En los cuatro años que estuvo al frente del equipo obtuvo un subcampeonato de la Copa Libertadores en 1987 y un título en 1990. Su gestión lo llevó en 1992 a la presidencia de la Federación de Futbol Colombiano reemplazando al mítico León Londoño Tamayo. Estando al frente de Fedefútbol la selección consiguió su triunfo más resonante de la historia: el 5-0 en el Estadio Monumental contra Argentina que le daría la clasificación al Mundial de Estados Unidos 1994 en donde, según Pelé, Colombia era favorita para ser campeona. En su casa, en Ciudad Jardín, ocurrió uno de los episodios más bizarros del fútbol colombiano.
El 10 de junio de 1994, dos días antes de partir para su concentración en Estados Unidos, la selección acababa de terminar su última práctica en la sede de Carcajal del América de Cali. El equipo estaba descansando en la Torre de Cali cuando supuestos miembros de la Federación Colombiana de Fútbol les avisaron a los jugadores de la Selección que los estaban esperando abajo en el parqueadero para reunirse en un lugar secreto. La cita era con los hermanos Rodríguez Orejuela en la casa de Ciudad Jardín de Juan José Bellini. Allí les prometieron un premio estratosférico a cada jugador si llegaban a la final en el estadio Rose Bowl de Los Angeles. Incluso les alcanzaron a dar a algunos jugadores entre USD 5 mil y 25 mil para incentivarlos. Testigos que estuvieron en el lugar afirmaban que Juan José Bellini se comportaba como un subordinado de los Rodríguez Orejuela.
El allanamiento en Colinas de Santa Rita fue su final. El 14 de septiembre de 1995, cuatro meses después de ese operativo del Bloque de Búsqueda, Bellini fue detenido en su oficina. Tenía 51 años. Aparentemente se terminaría su carrera como dirigente pero no fue asi. Sus contactos en la Federación y su buen ojo a la hora de identificar talentos y también su habilidad como administrador de equipos le permitieron no perder vigencia y, tras bambalinas empezó su segundo tiempo que lo puso a volar hasta lograr independizarse como manager de jugadores y asesorando clubes de profesionales. En resumen: volvió a ganar mucho dinero.
