Gilberto Rodríguez creyó haber coronado cuando Pedro Suárez Vacca, el juez segundo de ejecución de penas de Tunja ordenó la libertad condicional para él y su hermano Miguel el 7 noviembre del año 2002 por pena cumplida, aplicando la figura de habeas corpus. Una decisión que escandalizó al entonces ministro del Interior y de Justicia Fernando Londoño Hoyos quien dijo que se trataba del regreso de la mafia y acusó al juez de estar al servicio del narcotráfico y de ir en contravía de la ley, afirmación de la cual, forzado por una orden del Consejo Superior de la Judicatura, Londoño tuvo que retractarse.
Pero no fue solo el ministro el conmocionado con la decisión judicial sino todo el país. Los jefes del cartel de Cali condenados a más de veinte años de cárcel por un expediente cargado de pruebas judiciales, protagonistas además del escandaloso ‘Proceso 8000’ en el que quedó cuestionada la legitimidad de la elección presidencial de Ernesto Samper, lograron reducir su pena a siete años haciendo uso de distintos beneficios procesales.
El férreo ministro Londoño como cabeza de la justicia en el gobierno de Álvaro Uribe no se quedó quieto. El Fiscal General Luis Camilo Osorio también reaccionó. La Unidad Nacional Antinarcóticos e Interdicción Marítima de la Fiscalía, reactivó un proceso contra Gilberto Rodríguez por el envío de 100 kilos de cocaína a Costa Rica, delito que el capo del Cartel de Cali no había confesado, y por el que fue recapturado cuatro meses después, en marzo del 2003. Igual suerte corrió su hermano Miguel.
Una vez detenido, Gilberto Rodríguez fue trasladado a la cárcel de máxima seguridad de Cómbita desde donde se propuso dar la batalla legal para recuperar su libertad pero sobre todo para evitar ser extraditado. A través de un asesor suyo, el abogado Cagely, Rodríguez Orejuela contrató un abogado para que lo defendiera, el cual tenía una amplia amplia trayectoria académica, entonces combinaba el ejercicio profesional como litigante con las actividades políticas, pero según información, este abogado nunca recibió poderes ni alcanzó a ejercer funciones para actuar en la defensa del jefe del cartel de Cali.
Luz Marina Gutiérrez, que era la fiscal encargada del caso de Gilberto Rodríguez Orejuela tiene una historia complicada en esta entidad. Fue retirada de la Fiscalía en mayo del 2004 por solicitud del propio embajador de Estados Unidos en Colombia William B. Wood junto a otros cinco funcionarios de la Unidad Nacional Antinarcóticos, según aparece en uno de los cables de Wikileaks en los que Wood le informa de su actuación al Departamento de Estado. La razón aducida fue la pérdida de los expedientes contra Leonidas Vargas y varios narcotraficantes del cartel del Norte del Valle en la que habría estado involucrada la fiscal y cinco funcionarios más, que el gobierno de los Estados Unidos recomendó retirar de sus cargos, como en efecto lo hizo el Fiscal Luis Camilo Osorio.
Rodríguez Orejuela finalmente fue extraditado en diciembre de 2004. No obstante, y a pesar de no ser un monto considerable para las cifras que maneja la gente de la mafia, el jefe del Cartel de Cali quedó herido y a través de correos en poder de la fuente cuya identidad está protegida, sigue cobrándole la vieja deuda a quien puede ser el próximo Contralor de Colombia.