La idea de un restaurante de comida de mar se le ocurrió al coronel Álvaro Calderón Rodríguez, conocido como el Chivo Calderón, cuando gerenciaba una industria pesquera en Buenaventura y Tumaco, donde improvisaba recetas aprovechando su talento para la cocina. A principios de los años 60 se decidió y abrió el primer restaurante en el desaparecido centro comercial El Lago, allí él llevaba pescado fresco de Buenaventura por avión y con una cadena de frio que garantizaba la calidad lo que le permitió rápidamente diferenciarse de la competencia.
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En compañía de su segunda esposa, Beatriz Gracia quién garantizaba la calidad de la cocina, enseñó a comer mariscos a los bogotanos, con preparaciones exclusivas y originales como la langosta de tres sabores que durante muchos años fue la preferida de los comensales. La Fragata se caracteriza por su elegancia y buen servicio era y continua siendo un restaurante premium, con precios similares a los finos de la capital.
Su segundo local, que abrió en 1971, fue en el Centro Internacional, que además de paso obligado de los turistas del Hotel Hilton y el Hotel Tequendama fue un referente varias décadas en el sector político y banquero del país, en un ambiente decorado recordando al interior de una fragata, allí iniciaban y terminaban las corridas de toros en la temporada taurina de Bogotá. También durante varios años operó uno en la Carrera 15 en el Norte de Bogotá.
Intentó ampliar sus horizontes a otras ciudades con una bella sede en una casa colonial en el centro de la ciudad vieja de Cartagena, que lamentablemente no perduró, posteriormente intentarían Medellín con una franquicia en Medellín en el Hotel Park 10, que tampoco funciona en la actualidad. Durante varios años mantuvo una sede en Plenitud, diagonal a Unicentro, que cerró cuando les ofrecieron en 1991 abrir el restaurante giratorio en la calle 100, el cual es en la actualidad el único restaurante La Fragata que permanece, está ubicado en el último piso del World Trade Center, y gran parte de su atractivo es que mientras se disfrutan los platos el restaurante va dando una vuelta de 360 grados en una hora sobre el norte de Bogotá.
Su hijo mayor, Felipe Calderón Junquito, médico veterinario con un máster en administración, se puso al frente del negocio en 1970, mientras su padre siguió con otro hijo, Enrique, con la pesquera importando mariscos y pescado de Chile, Ecuador y Perú.
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Son famosos los festivales gastronómicos de muelas de cangrejo en diciembre y enero traídas de lugares como Groenlandia, Alaska y Chile, la de pescado en Semana Santa, la de camarón en enero y la de mariscos chilenos en septiembre y octubre.
Los dos hijos de Felipe, María Teresa y Alejandro, quienes habían incursionado con una versión más moderna del restaurante, el Fish Market que actualmente cuenta con dos sedes (Calle 77 y Centro Comercial Santa Ana), se hicieron cargo del negocio a la muerte de su padre. Los hermanos han introducido algunos cambios en el menú incluyendo platos de distintos chefs como el japonés Toshiro Konishi y el cubano Douglas Rodríguez, y un menú de ramen entre los siempre solicitados crema de cangrejo y langostinos fragata con arroz con coco y platanito, sin faltar el helado de almendra con cabello de ángel de postre.
El Grupo Fragata también incluye el restaurante japonés Toshiro Robatayaki en la Calle 90 con Cra 11, y ofrece servicios de eventos y catering. La tercera generación ha mezclado la tradición de La Fragata con un ambiente y cocina más relajado de Fish Market, manteniendo el énfasis en la frescura de los pescados y mariscos.
