El secretario general de la Presidencia en el gobierno de Andrés Pastrana, con quien ya no se habla, ha logrado abrirse camino en el gobierno Santos. Se ha convertido desde la Junta Directiva en el hombre fuerte del Banco Agrario, desde donde interviene en nombramientos y contratos, y fue quien cocinó la ratificación de Francisco Solano en la Presidencia del Banco. Solano fungía de conservador cuando Juan Camilo Restrepo lo nombró director de financiamiento y riesgos agropecuarios en el Ministerio de Agricultura pero se cambió ahora al partido de La U para contar con el respaldo de José David Name y la bancada de La U, partido al que se le había entregado el Banco. Juan Hernández también logró el nombramiento para otro copartidario suyo, el exministro Francisco Estupiñán, designado en la Bolsa mercantil. Su hijo Alejandro trabaja en la Presidencia como asesor de la ministra consejera María Lorena Gutiérrez, su hermana fue designada en el Consulado de Miami y Santos lo nombró delegado suyo en la Cámara de comercio de Bogotá.
