La decisión de la Fiscalía de pedir copia del expediente 001 de la JEP que trata de los secuestros cometidos por las Farc no cayó nada bien dentro del Tribunal de Paz, y su presidenta Patricia Linares señaló de "intromisión indebida a la independencia judicial". Sin embargo, Néstor Humberto Martínez echó para atrás la orden que fue dictada por su cercano asesor el fiscal Majer Nayi Abushihab, quien también pidió interrogar a la magistrada y presidenta de la Sala de Reconocimiento y Verdad, Julieta Lemaitre; y es el fiscal que adelanta la investigación en contra de la directora administrativa de la JEP Martha Lucía Zamora y dos contratistas, a quienes les imputarán cargos por orden de Abushihab el próximo 16 de octubre. Majer Abushihab había presentado su renuncia ante el despacho del Fiscal Martínez en julio de 2017 después de conocerse que había trabajado con el extraditado Luis Gustavo Moreno en 2014, pero Martínez no le aceptó la renuncia y le dio su total respaldo.
