Sergio Fajardo salió a defenderse después de que la Contraloría confirmara la sanción por su responsabilidad fiscal en Hidroituango. El fallo incluye en total a 26 personas, entre las que hay varios exgobernadores y exalcaldes, además de algunos directivos de EPM. Sergio Fajardo quedó incluido en la lista y esa decisión entorpece su aspiración presidencial. Pero en su respuesta, el precandidato de la Coalición Centro Esperanza decidió romper el silencio y se fue con toda contra el contralor Carlos Felipe Córdoba, a quien acusó de tener intenciones políticas. Según Fajardo, el fallo de la contraloría tiene como objetivo atajar su aspiración presidencial, y el artífice sería César Gaviria, con quien Córdoba, pereirano al igual que el expresidente, ha sido muy cercano.
Las declaraciones de Sergio Fajardo dan pistas del pasado político de Córdoba y su asenso en el escenario nacional. Sus cargos públicos han tenido un respaldo político desde que actuó como secretario de la alcaldía en su ciudad natal, pero también como auditor general. Aunque Fajardo no lo menciona explícitamente, sí deja claro que el expresidente Gaviria, quien tendría serias diferencias con él, como lo señaló en una entrevista Alejandro Gaviria al asegurar que él había quedado en la mitad de una pelea del expresidente con Juan Fernando Cristo y Sergio Fajardo, desacuerdos que son muy profundos, según el exrector de los Andes. Fajardo también señaló que el contralor Córdoba tuvo intenciones claras al nombrar a Cristian Castro como uno de quienes tenían que definir la segunda instancia del fallo de Hidroituango, pues Castro es muy cercano a César Gaviria.
Ahora Fajardo acudirá a la Comisión Interamericana de Derechos Humanos para defenderse del fallo en las instancias internacionales, al asegurar que en Colombia no tiene garantías.