Corría el año 2001 cuando Juan José Bellini salió de la cárcel. El país nunca pensó que el dirigente deportivo volvería a la esfera nacional y mucho menos trabajaría nuevamente con la Federación Colombiana de Fútbol, de la que fue presidente entre 1992 y 1995. Su salida de la entidad fue escabrosa. En julio del 95 el Bloque de Búsqueda llegó al edificio Colinas de Santa Rita al occidente de Cali, propiedad de Miguel Rodríguez Orejuela, quien se encontraba en el piso ocho. Usando una pared falsa de su baño principal logró evadir a la policía. Sin embargo, ese allanamiento sería el principio del fin para Juan José Bellini.
Tres maletines, propiedad del capo Rodríguez Orejuela y que guardaba celosamente, hundirían al dirigente deportivo. En ellos se encontraban los registros de pagos, una rigurosa contabilidad que llevaba el Cartel de Cali para tener funcionado como un reloj todos sus negocios. En el Libro Número 1 encontraron el nombre J. Bellini, a quien, según esas cuentas, el cartel le había hecho dos pagos entre febrero y marzo de 1995 por más de 200 millones de pesos. Bellini, al no poder responder por esa plata, fue condenado a seis años de prisión que pagó en la Cárcel de Palmira.
El nombre de Juan José Bellini quedó asociado al narcotráfico de por vida. Su figura era la representación de la época más oscura del fútbol colombiano, o como la llamó el ministro de Justicia, Rodrigo Lara Bonilla en 1983, el Narco Fútbol. Sin embargo, Bellini tenía otros planes para sí, y en ninguno de ellos estaba el anonimato. Apenas un año después de recuperar su libertad, Bellini llegó al despacho de Luis Bedoya, quien se estrenaba ese mismo año 2002 como presidente de la Dimayor luego de un ascenso meteórico en la institución. Entre los años 2002 y 2006 Bellini recibió $68 millones, una cifra que aumentaría a $633 millones entre el 2006 y el 2015 con Ramón Jesurum y en los dos años que estuvo con José Fernando Perdomo la cifra llegó a los $235 millones. Bellini no sólo sigue siendo un hombre influyente en la Federación, sino que es empresario de jugadores y asesor de clubes.
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Juan José Bellini junto a Miguel Rodríguez Orejuela.
A sus 76 años su experiencia en el fútbol es basta. Cuando Lara Bonilla denunció la infiltración de dineros del narcotráfico, el 21 de octubre de 1983, afirmando que "los equipos de fútbol profesional en poder de personas vinculadas al narcotráfico son Atlético Nacional, Millonarios, Santa Fe, Deportivo Independiente Medellín, América y Deportivo Pereira", Bellini ya formaba parte del Consejo Directivo de la Dimayor. Él, junto a otros dueños de clubes que después serían condenados por narcotráfico como Hernán Botero, presidente del Nacional o Eduardo Dávila Armenta, del Unión Magdalena, negó todas las acusaciones del ministro. Desde esa época ya era un hombre de confianza de los Rodríguez Orejuela, quienes, después de intentar comprar acciones en el Deportivo Cali, se fueron con sus millones al América de Cali club que compraron en 1981. Transformaron a la Mechita, un club que siempre disputaba el último puesto de la tabla de posiciones con el Cúcuta Deportivo y el Deportes Tolima, en tres veces finalista, de manera consecutiva, de la Copa Libertadores de América.
Era tanta la cercanía con los jefes del Cartel de Cali que lo escogieron como presidente del Club en 1987. A Bellini los Rodríguez Orejuela lo llamaban Bom-Bom-Bum. Confiaban plenamente en su criterio futbolístico. En los cuatro años que estuvo al frente del equipo obtuvo un subcampeonato de la Copa Libertadores en 1987 y un título en 1990. Su gestión lo llevó en 1992 a la presidencia de la Federación de Futbol Colombiano reemplazando al mítico León Londoño Tamayo. Estando al frente de Fedefútbol la selección consiguió su triunfo más resonante de la historia: el 5-0 en el Estadio Monumental contra Argentina que le daría la clasificación al Mundial de Estados Unidos 1994 en donde, según Pelé, Colombia era favorita para ser campeona. En su casa, en Ciudad Jardín, ocurrió uno de los episodios más bizarros del fútbol colombiano.
El 10 de junio de 1994, dos días antes de partir para su concentración en Estados Unidos, la selección acababa de terminar su última práctica en la sede de Carcajal del América de Cali. El equipo estaba descansando en la Torre de Cali cuando supuestos miembros de la Federación Colombiana de Fútbol les avisaron a los jugadores que los estaban esperando abajo en el parqueadero para reunirse en un lugar secreto. La cita era con los hermanos Rodríguez Orejuela en la casa de Ciudad Jardín de Juan José Bellini. Allí les prometieron un premio estratosférico a cada jugador si llegaban a la final en el estadio Rose Bowl de Los Ángeles. Incluso les alcanzaron a dar a algunos jugadores entre cinco mil y veinticinco mil dólares para incentivarlos. Testigos que estuvieron en el lugar afirmaban que Juan José Bellini se comportaba como un subordinado de los Rodríguez Orejuela.
El allanamiento en Colinas de Santa Rita fue su final. El 14 de septiembre de 1995, cuatro meses después de ese operativo del Bloque de Búsqueda, Bellini fue detenido en su oficina. Tenía 51 años. Aparentemente se terminaría su carrera como dirigente, pero no fue así.
Tras pagar seis años de cárcel, mantuvo sus contactos con el mundo del fútbol y la Federación, y su buen ojo a la hora de identificar talentos más su habilidad como administrador de equipos le permitieron no perder vigencia. Tras bambalinas, empezó su segundo tiempo que lo puso a volar hasta lograr independizarse como manager de jugadores y asesorando clubes de profesionales. Su gran regreso es con la Equidad, quiere volver a tener el poder que alguna vez ejerció dentro de la Federación y, de paso, seguir haciendo millones con el fútbol.