De manera sorpresiva el Consejo Superior de la Universidad del Cauca ha emitido el Acuerdo N° 041 de 2013 donde se aumenta el periodo rectoral a cinco años, acuerdo que incluye al actual rector Juan Diego Castrillón. El sindicato de profesores, ASPU, y una Asamblea de profesores han rechazado el procedimiento por la forma vertical e inconsulta por la cual se tomó la decisión, contando con el aval del representante de los profesores, Milton Arango.
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