En el Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia – BIOS, tenemos por estos días un visitante bien interesante, Lavanya Rishishwar, un nombre bien complejo para quienes vivimos en esta parte del mundo; él prefiere que lo llamen Lava.
Es hindú y en lo primero que pienso es en Rajesh Koothrappali (interpretado por Kunal Nayyar), más conocido como Raj, en la exitosa serie The Big Bang Theory, no por su timidez para hablar con las chicas o esa incómoda relación con Howard, sino por su brillantes. Mientras que el personaje es un astrofísico que incluso descubrió un planeta más allá del cinturón de Kuiper al que llamó "Planet Bollywood, Lava es un bioinformático, con maestría en bioinformática y en la mitad de su Ph.D., adivinen, en bioinformática, y lo mejor, tiene solo 24 años.Viene de una universidad aliada de BIOS y con quienes se llevan a cabo varias investigaciones conjuntas, el Georgia Institute of Technology. Y sabe más de los colombianos, que nosotros mismos. Está aquí con 3 grandes objetivos. El primero es trabajar con algunas investigaciones que está realizando de la mano con BIOS y algunos de sus investigadores; una de estas busca conocer los ancestros colombianos, de dónde venimos y cómo fue que se unieron diferentes razas en estas tierras. Tomaron 60 personas de Medellín (luego de estudiar cerca de 200 en latino América) y secuenciaron su genoma con el fin de conocer cuál es la unión racial y definir de qué parte del mundo son originarios.
Lava asegura que nuestras madres son en su mayoría nativas y nuestros padres europeos; por ejemplo en Estados Unidos, los británicos llegaron con sus familias y no hubo tanta mezcla, aquí no fue así. Harán análisis con personas de Cali, Chocó y otras partes del país. Todo esto sirve, por ejemplo, para saber por qué hay mayor inmunidad frente a una u otra enfermedad, dependiendo del origen de nuestros ADN; o cuál fue la mezcla en la costa pacífica y cuál en la zona andina. Además quiere conocer la influencia del genoma africano en el nuestro, a través de los viajes trasatlánticos de hace muchísimos años. La investigación número dos es el análisis de la bacteria Staphylococcus Aereus, que genera desde dermatitis hasta enfermedades en la sangre y que actualmente se trata con la medicina Vancomycin; lo interesante es que este virus generó inmunidad a este elemento, así que, si hay contacto con esta, puede morir porque no hay con qué tratarlo.
Lo que hace Lava es conocer el ADN del Staphylococcus Aereus, entender por qué está mutando y las razones para que con el paso del tiempo se vuelva inmune, y así, crear una nueva medicina que lo contrarreste. El segundo objetivo tiene que ver con fortalecer las herramientas investigativas para análisis bioinformáticos, el tema es algo complejo, pero trataré de explicarlo. Él está trabajando en un pipeline (del que también hará parte el workshop en Cali), es decir, una unión de softwares que tienen funciones diferentes pero que trabajan juntos, lo que hace el análisis de datos mucho más rápido. En este caso para fortalecer la investigación en biomedicina computacional de BIOS (la búsqueda de analizar las posibles enfermedades y sus tratamientos, a través del ADN). Y la tercera tarea de Lava en esta visita, es un Workshop en Cali del 2 al 6 de junio, un curso del ICGEB (The International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology), en técnicas avanzadas para genómica humana clínica y personalizada, en castellano, el uso de herramientas bioinformáticas para obtener información respecto a alguna enfermedad desde el ADN. Hablamos con Lava y aquí están algunas de sus respuestas:
-Carlos Urrego C.U (líder Unidad de Comunicaciones BIOS): “¿cómo se hace esta investigación (la de los ancestros colombianos) y qué resultados obtuvieron?”
-Lavanya Rishishwar L.R (investigador visitante del Georgia Tech): “Hay muchas empresas que pueden hacer tu árbol genealógico. Lo que pasa es que, imagina un escenario en que tienes varios individuos y se reproducen, tienen descendencia y así pasa generación tras generación. Tienes cromosomas X y cromosomas Y y estos dicen tu género, el X viene solo del padre y ahí podemos reconocer tu ancestro paterno y de esta manera conocemos la ruta ancestral; por otro lado está la mitocondria, que es el motor de la célula, allí está el ADN mitocondrial que viene solo de la madre, y a ella llegó de su madre y así es como podemos saber la línea materna, de esta manera clasificamos cada línea. Digamos que tenemos muchas mariposas, con esta información podemos reconocer cuál es cada una, de qué tipo. Las tipologías que tenemos nos sirven para saber de dónde podría venir ese ADN de una manera muy precisa, sin ser infalible, podemos decir, gracias a estos patrones y tipos, de qué parte del mundo muy seguramente es tu ancestro”.
C.U: “¿por qué es importante saber de dónde venimos?”
L.R: “nos ayuda a responder muchas preguntas, muchas personas de América quieren saber de dónde vienen; también podemos analizar la evolución humana; muchas personas que vinieron de otras partes del mundo, se quedaron, se adaptaron y son inmunes a cosas muy particulares, por ejemplo, los africanos son inmunes a enfermedades bacterianas, pero eso no pasa en humanos de otras regiones, por eso pueden sobrevivir en ambientes puntuales. A Colombia llegaron de todas partes y trajeron sus virus y bacterias, para sobrevivir a todos estos nuevos ambientes, hay un gran movimiento genético que se debe estudiar”.
C.U: por ejemplo, cuando los españoles vinieron a conquistarnos, lo primero que trajeron fue la gripe, ¿ustedes pueden ver en qué punto empezamos a defendernos en ese nuevo medio?
L.R: “en algún punto lo podremos hacer. Por ahora es más fácil hacer la pregunta que responderla, no estamos aún allí pero llegaremos en poco, para eso tenemos que investigar mucho e invertir mucho. Pero en algún punto podremos saber cuándo se inició la mezcla y cuándo se empezó a generar la inmunidad o por lo menos la defensa hacia todas estas enfermedades. Hay que recordar que cuando los españoles llegaron, esto era selva, y la malaria acabó con ellos, trajeron asiáticos y también los exterminó, y luego trajeron africanos y ellos sobrevivieron, ¿por qué?, porque tenían resistencia a la malaria; en África es una enfermedad común y ellos se adaptaron.”
C.U: Quiero cambiar el tema, y hablemos de algo que usted conoce a profundidad, la bioinformática; ¿cuál es el futuro de esta? -L.R: “el futuro para la bioinformática es brillante, la secuenciación del genoma humano costó 3 billones de dólares y duró 10 años. Un lustro atrás hacer secuenciación genómica era muy costoso, entonces pocos laboratorios podían hacerlo, con el tiempo eso ha ido cambiando (por ejemplo con herramientas como la máquina Ilumina). La escala de costos está cayendo estrepitosamente y la capacidad computacional sigue creciendo y siendo más eficaz. Aunque la posibilidad de analizar los datos sigue siendo mucho menor que nuestra rapidez para obtener dicha información. La bioinformática puede ayudar mucho a la humanidad, ¿cómo veo el futuro en una década o dos? , lo que va a pasar es que lo primero que hará el doctor cuando nazcas es secuenciar tu genoma (que según Lava cambia poco durante una vida, a no ser que haya una enfermedad muy puntual), desde ahí se pueden hacer diagnósticos basados en el genoma. Si va a ser susceptible a algo, o qué tipo de medicamentos se le deben aplicar si se enferma en algún punto de su vida, si va a ser proclive a sufrir de cáncer, o cosas muy exactas como si será intolerante a la lactosa. Todo esto se puede y se podrá hacer, pero para lograrlo necesitamos mucha, mucha investigación bioinformática”.
C.U: hablábamos del futuro, ahora, ¿cuál es el presente de la bioinformática?
L.R: “el presente es muy interesante, lo que pasa es que el escenario de los datos, o el big data, tiene mucha información pero lo que debemos hacer es convertir eso en algo útil, algo que le sirva a nuestras próximas generaciones”.
C.U: Lava para finalizar, en todo ese mundo fascinante, ¿cuál es el papel que juega o podría jugar BIOS?
L.R: “cuando llegué, no sabía que iba a encontrar, pero después de ver la capacidad que tienen en BIOS, estoy completamente asombrado, sorprendido, impresionado. Ustedes tienen la capacidad de ser el centro de bioinformática en América. La verdad es que hay unos pocos centros, tal vez 4 en el mundo en donde ocurre toda la investigación bioinformática, donde tienen la capacidad y el dinero; BIOS puede ser el siguiente de estos centros. Tomará tiempo, pero tienen la energía y el personal; los otros centros llevan 20 años en este tema, BIOS apenas comienza en un camino muy interesante. Cuando logren establecerse aquí (en la región), será un camino ascendente, casi que imparable”. Aquí encontrará el artículo de la investigación número dos: http://www.prism.gatech.edu/~lrishishwar3/PDF/2014-Jbac-StaphML.pdf
