El general Flórez dejó a un lado su uniforme de militar activo después de 35 años de estar en el campo de batalla, para responder el llamado del Presidente Santos y encabezar la sub-comisión que trabajó durante un año para buscar la fórmula que permitiera el cese bilateral al fuego, es decir, el acuerdo del fin de la guerra. Por el lado de las Farc estaba el comandante Carlos Antonio Losada, mano derecha del Mono Jojoy en el Bloque Oriental y quien resistió la ofensiva del Plan Patriota durante el gobierno de Álvaro Uribe
Javier Flórez es un quindiano que estuvo hasta diciembre del año 2011 al frente de la Fuerza de Tarea Conjunta Omega al mando de 25 mil hombres, la unidad militar clave en la lucha antisubversiva. Luego fue promovido para ser el comandante del Estado Mayor Conjunto que equivale a ser el segundo hombre del Ejército. En La Habana estará frente a frente de Fabián Ramírez, comandante del Bloque Sur a quien combatió personalmente en la zona del Caquetá
Fue éste general quien comandó el operativo que acabó con la vida del alias El Mono Jojoy, el 23 de septiembre de 2010, hasta entonces el resultado más importante de su carrera militar y que se denominó “Sodoma” aunque inicialmente la bautizó como “Arturo 2”, en homenaje a su nieto. “Dispusimos de 17 mil hombres para combatir al Bloque Oriental durante siete años hasta lograr el objetivo mayor: dar de baja al cabecilla mayor aunque también liquidamos otros de tercer y cuarto nivel” dijo Flórez por aquel entonces.
A Flórez lo respeta, pero sobretodo, lo quiere la tropa por sus gestos humanos. Una vez concluída cualquier operación viaja personalmente a la zona y se presenta con un buen almuerzo como reconocimiento al valor de su gente, de quien se sabe al detalle su realidad familiar. Duerme cinco horas y tiene como compañero permanente su equipo Centry que le permite estar en permanente contacto con los frentes de combate.
Se conoce al país como la palma de su mano no solo por ser un militar de montaña sino porque ha vivido en 32 batallones diferentes, casi siempre en zonas de conflicto y donde ha estado acompañado por su esposa Sandra Henao, hija del mayor Jorge Hernando Giraldo
Durante tres meses la Fuerza Omega le siguió los pasos al entonces comandante de las Farc, Alfonso Cano, quien sucedió en el más alto cargo de la guerrilla a Manuel Marulanda Vélez, alias Tirofijo. El 4 de noviembre de 2011, cuando las conversaciones de paz del gobierno Santos con la guerrilla de las Farc ya estaban en camino, un grupo orientado por el general Flórez ubicó en las montañas del Cauca a Cano, quien se encontraba en la zona rural del municipio de Suarez, acompañado por su compañera de los últimas años Patricia y protegido por un pequeño grupo de guerrilleros entres los que se encontraban el Indio Efráin y El zorro. Fue el Presidente Santos quien le impartió directamente la orden al militar de liquidar a Alfonso Cano quien se encontraba aún con vida en manos de los militares.
El General Flórez fue escogido por el presidente Santos como el representante de más alto rango de las Fuerzas Militares en las negociaciones de La Habana. Viajó a Cuba por primera vez el 2 de marzo del 2015 para: junto a los oficiales Martín Fernando Nieto y Alfonso Rojas Tirado, para sentarse al frente de quien había sido un duro contendor en el terreno: Carlos Antonio Losada, el número 2 del Mono Jojoy del Bloque Oriental. Y lo hizo con altura. La tarea de ambos guerreros en orillas contrarias concluye hoy con una fórmula para ponerle fin a 50 años de Guerra en Colombia.
