El 4 de diciembre del 2009 el Procurador Alejandro Ordoñez abrió investigación disciplinaria contra Andrés Felipe Arias. El escándalo había estallado dos meses antes. En la edición de octubre la Revista Cambio denunció irregularidades en el programa Agro Ingreso Seguro lanzado por Arias a comienzos del segundo periodo de Uribe. El programa estaba destinado a darle préstamos a pequeños agricultores, pero esto nunca sucedió y el dinero terminó en manos de narcotraficantes y otras figuras del ámbito nacional.
Poco más de un año duraron las investigaciones. El 19 de julio del 2011 Ordoñez convocó a una rueda de prensa en donde leyó el fallo en contra de Arias "el señor Arias Leiva intervino en la celebración de los convenios especiales de cooperación científica y tecnológica números 003 de 2007 y 055 de 2008 con omisión de estudios previos, y 052 de 2009 y 037 de 2009 sin contar con estudios técnicos, financiero y jurídicos precisos y completos". Además de esa lectura el Procurador afirmó que Arias desconoció principios de transparencia, selección objetiva y responsabilidad. La Procuraduría logró demostrar que el exministro de Uribe aprobó los términos de referencia en las convocatorias públicas de riego y drenaje durante el 2008 sin los mínimos requisitos al igual que la asignación de millonarios recursos que no contaban con estudios serios. Ordoñez lo destituyó y lo inhabilitó por 16 años. El fallo del Procurador, cercano al uribismo y hoy embajador de Colombia ante la OEA, tuvo un efecto devastador para Arias: no tendría derecho a una segunda instancia.
La hoy Embajadora en Francia del gobierno Duque, Viviane Morales, le dio la estocada final. Dos días después del fallo de la Procuraduría la entonces Fiscal le imputó cargos por celebración de contratos. Morales pidió medida de aseguramiento ese día por considerar que “la libertad de Andrés Felipe Arias es un peligro para la comunidad”. Ante el magistrado de la Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá, Orlando Fierro, la Fiscal Morales mostró que las decisiones de Arias llevaron a un detrimento patrimonial por más de 43 mil millones de pesos. Uno de los argumentos que tenía Morales contra Arias era que el exministro había usado los recursos de AgroIngreso Seguro para catapultar su precandidatura presidencial.
El 26 de julio de 2011 el Tribunal Superior de Bogotá le dictó medida de aseguramiento. En ese momento fue puesto preso en las instalaciones del Cantón Norte. El argumento para no enviarlo a La Picota tuvo que ver con motivos de seguridad. Allí duró hasta el 14 de junio del 2013 cuando fue liberado por considerar que no era un riesgo para la comunidad. Gozaba desde entonces de libertad condicional.
En ese periodo aparecería la otra protagonista que terminaría hundiendo al exministro. La alegría solo le duró un año. El 3 de julio del 2014 La Corte Suprema de Justicia lo encontró culpable de los delitos de celebración de contrato sin el cumplimiento de los requisitos legales y peculado por apropiación a favor de terceros. La magistrada ponente, María del Rosario González fue quien señaló que los convenios firmados por Arias con el Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura y avaluados en $280.000 millones permitían que un terreno fuera fragmentado en varios predios y así poder recibir varios subsidios de Agro Ingreso Seguro. El 11 de julio del 2014 Andrés Felipe y su familia salieron para Estados Unidos, seis días antes de que la Corte Suprema lo condenara a 17 años de prisión y a pagar una multa de 50 mil salarios mínimos.
Cinco años después Andrés Felipe Arias es deportado a Colombia. Mientras tanto su esposa, Catalina Serrano, no olvida a los dos funcionarios que, con sus decisiones, terminaron con la carrera política de su esposo. En una entrevista a la W Radio en marzo de este año dijo que Morales se ensañó contra Andrés Felipe por razones personales, dijo que había sido ternada por Juan Manuel Santos para favorecerlo y atacar a los aliados de Uribe. Además, alegó que el abogado que defendía a Arias siendo Ministro de Agricultura había tenido problemas con su esposo, Carlos Alonso Lucio. Sobre Ordoñez recalcó en ese momento que siempre se había portado con ellos de una manera muy humana. En esa misma entrevista Serrano se mostró muy dolida por el trato que le había dado el gobierno Duque a Morales y Ordoñez nombrándolos embajadores. Catalina Serrano estará llegando a Colombia en los próximos días para acompañar a su esposo quien paga su condena en la Escuela de Caballería de la Policía Nacional.
