Gaitán estableció el cuartel general en el cerro de la Popa e instaló una batería de cañones en el castillo de San Felipe al mando del caucano Capitolino Obando, hijo de José María Obando.
Gaitán contaba con nueve vapores y los gobiernistas, con tres. El sitio no pudo ser completo ya que las fragatas norteamericanas (Tennessee y Powhatan), la inglesa (Canadá) y la española (Fernando el Católico) que apoyaban al gobierno permitían el paso de alimentos y armas.
Por Panamá llegaron de Cartago a Cartagena fuerzas al mando del general Rafael Reyes y de Medellín, tropas comandadas por los generales Mateus y Briceño. Gaitán dejó el mando al general Gabriel Vargas Santos, jefe del Partido Liberal y este ordenó un ataque a Cartagena el 7 de mayo que resultó en un estruendoso fracaso: se perdieron más de trescientos hombres entre muertos, heridos y presos. Eso lo obligó a retirarse a Barranquilla.
Cuando Gaitán se retiraba de la bahía a bordo del Camacho Roldán, una lancha con tropas norteamericanas le exigió la entrega del revolucionario panameño Pedro Prestán, acusado del levantamiento e incendio de Colón. Gaitán se opuso.
Gaitán Obeso fue capturado el 16 de octubre de 1886 en la población de Lebrija (Santander) siendo el único oficial al que Núñez no quiso amnistiar. Fue condenado a diez años de presidio en el castillo de Bocachica y por pedido el gobierno de Estados Unidos trasladado a Panamá. Allí murió de paludismo a la edad de 33 años. Por su parte, Prestán fue ahorcado por orden de Rafael Reyes.
El aventurero italiano Ernesto Cerruti llegó a Colombia en 1870, fijó su residencia en Buenaventura y contrajo matrimonio en Cali con Emma Davis, nieta del general Mosquera. Tomó parte en las guerras civiles desde 1876 hasta 1885. Poseía minas de oro en Salento, propiedades en Pereira, haciendas de tabaco y caña de azúcar en Tuluá. Así mismo, tuvo sociedades con el general Ezequiel Hurtado, gobernador del Cauca, quien después sería presidente encargada de Colombia en ausencia de Rafael Núñez, quien debió viajar a Curazao para tratamiento médico.
El gobierno le expropió bienes a Cerruti por participar en las guerras internas del país. Fue detenido y llevado preso a Buenaventura ante lo cual el gobierno italiano protestó con nota diplomática del 15 de abril de 1885. Al no obtener respuesta, envió el crucero de guerra Flavio Gioia, al mando del capitán Cobianchi. Este rescató a Cerruti, originando la protesta del gobierno colombiano.
Italia exigió reparaciones económicas y para solucionar este pleito Colombia solicitó en 1896 la mediación de Grover Cleveland, presidente de Estados Unidos, quien se inclinó a favor de Italia, obligando a Colombia a resarcir a Cerruti.
Como Colombia incumplió este laudo, el 22 de julio de 1898 llegó a Cartagena el almirante italiano Candiani al mando de cinco cruceros de guerra con ciento treinta y cuatro cañones. Así obligó al presidente Marroquín a pagarle a Cerruti veinte mil libras esterlinas facilitadas por el Banco de Colombia. El gobierno pagó y situó el dinero por cable en el Banco Ambro de Londres y rompió relaciones diplomáticas con Italia.
