Después de aspirar, sin éxito, al Senado (2009), a la alcaldía de Florencia (2011) y a la Asamblea Departamental del partido Opción Ciudadana (2015), John Freddy Núñez llegó finalmente a la Cámara de Representantes gracias a la creación de las 16 curules para las víctimas como uno de los acuerdos del Proceso de Paz. Núñez aspiró a la curul de la circunscripción 5 la de Cuenca del Caguán y Piedemonte del departamento del Caquetá alegando ser víctima de la violencia cuando en 2007 su esposa Liliana Polanía fue asesinada por las Farc.
Desde el inicio fue una candidatura cuestionada pues Núñez ha sido contratista del Estado en temas de infraestructura y es cercano al círculo de confianza del exgobernador Álvaro Pacheco, condenado por parapolítica. Sin embargo, con 3.011 votos se quedó con la curul de paz pero a pocos días de posesionarse el nuevo Congreso, el Consejo de Estado anuló la elección de John Freddy Núñez pues uno de los requisitos era no haber aspirado a cargos de elección popular ni pertenecer a ningún partido político en los últimos cinco años.
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