Una vez desmantelado el Cartel de Medellín Don Berna se convirtió en socio de los hermans Castaño en el empeño de darle una fachada política al negocio del narcotráfico. Crearon las Autodefensas Unidas de Colombia en 1997 y Diego Murillo ayudó a que esta asociación armada se extendiera en departamentos como Antioquia. En el 2000 abrió su propio bloque, el Nutibara, que llenó de terror, de desaparecidos y torturados a Medellín. Según Insight Crime este no era más que una fracción de la Oficina de Envigado. Con la bendición de las AUC Don Berna podría volver políticos todo su traqueteo. Nunca dejó de ser un mafioso. El único que le podía hacer resistencia en las comunas de Medellín era Doble Cero, el temido comandante del Bloque Metro. También las milicias de izquierda asentadas allí, le impedían el control total de la zona. Pero igual, los barrió.
En la Operación Orion fue fundamental para acabar con todo vestigio de izquierda en esa parte de Medellín. Tenían en la nómina, para estar sobreseguros, a comandantes de la policía a quienes le pagaban 10.000 dólares mensuales. Don Berna, el humilde lavacarros de Tuluá, se convirtió por unos años en el único sucesor de Pablo Escobar. Después de efectuarse la operación, en octubre del 2002, se contaron 92 muertos. Poco tiempo después mandó a asesinar en Santa Marta a Doble Cero. La expansión había concluido. Arrancaba su efímero pero absoluto reinado.
En noviembre del 2003 tenía un ejército de 6.000 hombres. Ellos se encargaron de mantener, entre el 2.003 y el 2.008, las tasas de criminalidad en Medellín controladas. Era la época de la Donbernabilidad. Cuando las AUC se desmovilizaron, ya muertos los hermanos Castaño, él era el hombre más poderoso de la organización. En el 2008 se desmovilizó y fue extraditado a una cárcel de Miami en el 2009 donde paga 31 años de cárcel.
En el 2015 habló sobre los supuestos nexos de Santiago Uribe Vélez, hermano del expresidente con la creación del Grupo Paramilitar Los 12 Apóstoles. Y aunque se recuerda por estos últimos episodios asociados a la actividad para militar su importancia en el mundo criminal es anterior y muy relevante.
En 1992, en plena guerra entre los carteles de la droga, Diego Murillo Bejarano ocupaba un puesto clave: era el conductor de confianza de Fernando Galeano, el rival de Pablo Escobar en la exportación de coca en las rutas mas valorizadas de entonces.
Acompañó a su jefe a un encuentro con Escobar quien se encontraba detend en La Catedral. Era el 22 de julio de 1992 y se trataba de una reunión de capos de verdad. A Galeano lo lo acompañaba su socio y amigo, Kiko Moncada. Ambos habían copado el negocio de Escobar en las calles de Medellín. Ambos habían creado La oficina de Envigado, un temido sistema con el que recaudaban los fondos que necesitaba el Cartel para operar. Sin embargo, su patrón los estaba ahogando con unos impuestos leoninos, atropelladores. Pablo Escobar confiaba en su lealtad.
Llegaron muy temprano en la mañana y Don Berna esperó tres horas hasta que se empezó a inquietar. Este tulueño con pasado guerrillero en el EPL, que había intentado estudiar Derecho en la Universidad de Antioquia pero tan sólo duró un semestre, le tocó ganarse la vida lavando carros para el negocio que tenía Fernando Galeano en Itagui. Poco a poco se ganó la confianza de él y de su hermano Mario, feroces anti-comunistas que al principio vieron con recelo su pasado guerrillero. El EPL había secuestrado al papá de los Galeano y había robado un supermercado de su propiedad. Pero a punta de trabajo silencioso y de entregarles a los hermanos los nombres de los jefes urbanos más importantes del EPL, Murillo fue ascendiendo y su tranquila figura de Buda le dio la respetabilidad que traía su apodo: Don Berna.
Y con este apodo fue logrando la confianza, además de ser conductor y jefe de seguridada, manejaba información clave en el mundo del hampa. Controlaba la oficina de Envigado y sus redes de narcotráfico. Por eso, a la 1 de la tarde de ese día, se bajó del carro y logró entrar a La Catedral. Los lugartenientes de Escobar estaba para empezar uno de sus famosos partidos de fútbol con estrellas del Nacional incluídas. Hacían un asado al lado de la cancha y le invitaron a Don Berna a comer de esa carne. Pablo Escobar lo tranquilizó diciendo que Galeano y Moncada habían salido a Medellín por una puerta trasera. Diego Murillo no quedó muy convencido. Según Alonso Salazar en La Parábola de Pablo, lo que comía el jefe de seguridad era la carne de su patrón.
Cuando se comprobó que Escobar había matado a los jefes jefes narcontraficantes en la prisión, donde el capo mandaba a su amaño intentó fallidamente lograr que el Impec tomara control de la cárcel. El resultado: la huida de Escobar. Al mismo tiempo Don Berna entraba a formar parte del grupo que se conoció como los Pepes -Perseguidos por Pablo Escobar-quienes aliados con el gobierno de Cesar Gaviria iniciaron la persecusion del capo. Estuvieron apoyados incluso por las autoridades norteamericanas con presencia en el pais, aliados en la lucha contra el capo de capos, el enemigo mayor.
Don Berna fue testigo de primera línea del cerco que le tendió el Bloque de Búsqueda a Escobar que concluyó con su asesinato el 2 de diciembre de 1993. En su libro Don Berna le resta cualquier tipo de protagonismo al Coronel Hugo Aguilar y relata así las últimas horas del Capo en un tejado de un barrio de clase media en Medellín: “Derribaron la puerta con una almádena. El patrón, absorto en su llamada, no escuchó el estrépito. El único hombre que lo acompañaba, alias El Limón, le gritó: “¡Patrón, nos cayeron!”, y salió corriendo por la puerta trasera de la residencia. Pablo hizo lo mismo, pero sus movimientos eran lentos debido al gran sobrepeso que tenía. Subió al segundo piso, pues allí había una pequeña ventana que daba al techo de una casa vecina. Pablo corría por el techo cuando mi hermano llegó a la ventana, le apuntó y le disparó en la cabeza con su fusil M-16 calibre 5.56”.
Una vez concluida la tarea Don Berna, se trazó un nuevo plan con los hermanos Fidel y Carlos Castañño, quienes también habían formado parte de los Pepes: el nacimiento de las Autodefensas Unidas de Colombia. Iniciaron un nuevo capítulo del negocio del narcotráfico con unos nuevos protagonistas pero sobre todo inauguraron una de las etapas más sangrientas del conflicto colombiano con consecuencias políticas, dándole vida el surgimiento de una derecha decidida a enfrentar la guerrilla. Don Berna tendría mucho que contar, más que ninguno, otro pero su verdad seguirá encerrada en una cárcel de maxima seguridad en Miami.