El tema de la justicia fue el más complicado de la negociación, en cuanto colocaba sobre la mesa la gran preocupación de los colombianos: ¿Cómo pagarían los guerrilleros de las Farc por los crímenes cometidos durante los 50 años del conflicto colombiano? Las dificultades en el avance del tema forzaron al Presidente Juan Manuel Santos a conformar un equipo de juristas paralelo en el que participaron el rector de la Universidad Externado, Juan Carlos Henao; el conservador Álvaro Leyva Durán; el nortamericano Douglas Cassel; el abogado Diego Martínez, el español y asesor jurídico Enrique Santiago y el exmagistrado de la Corte Constitucional Manuel José Cepeda. Después de una dura negociación entre guerrilla y gobierno llegaron al siguiente texto:
ACUERDO DE DESARROLLO DEL NUMERAL 23 DEL “ACUERDO DE CREACIÓN DE UNA JURISDICCIÓN ESPECIAL PARA LA PAZ
Las normas de amnistía contemplarán la puesta en libertad, en el momento de la entrada en vigor de dichas normas, de todas las personas señaladas en el primer párrafo del numeral 23 del “Acuerdo de Creación de una Jurisdicción Especial para la Paz” (JEP) de fecha del 15 de diciembre de 2015 -los rebeldes que pertenezcan a organizaciones que hayan suscrito un acuerdo final de paz, así como aquellas personas que hayan sido acusadas o condenadas por delitos políticos o conexos mediante providencias proferidas por la justicia-, así como definirán la autoridad que determinará dicha puesta en libertad. Los excarcelados declararán que se someterán a la Jurisdicción Especial para la Paz y quedarán a disposición de ésta en situación de libertad condicional decidida por la JEP y conforme a las condiciones establecidas en el Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición (SIVJRNR) y verificadas por la JEP cuando entre en funcionamiento dicha jurisdicción.
En el caso de que la persona hubiere sido acusada o condenada por delitos no amnistiables, se aplicará lo establecido en el párrafo anterior respecto a la excarcelación y al sometimiento a la JEP para comparecer ante las Salas de reconocimiento de Verdad y responsabilidad, la Sala de Amnistía o la Sección de Revisión, o hasta que por la JEP se impongan, en su caso, las sanciones correspondientes, quedando a disposición de esta jurisdicción en las siguientes condiciones:
a. En el evento de que la JEP haya entrado en funcionamiento, así como desde que entre en funcionamiento para los supuestos previstos en el literal siguiente, la decisión de excarcelación, el traslado y la supervisión de la medida de control y garantía propia de la JEP que por esta se determine respecto a los excarcelados serán determinados por la Sección de revisión del Tribunal para la Paz, ejecutándose ésta en los mismos lugares donde se concrete el proceso de reincorporación a la vida civil que se acuerden para los demás integrantes de las FARC-EP o en otros domicilios que puedan proponer los excarcelados;
b. En el evento de que la JEP no haya entrado en funcionamiento, la autoridad que determine la ley de amnistía decidirá la excarcelación, las medidas de control y garantía propias de la JEP y dispondrá que el mecanismo de verificación propio de la JEP que se acuerde por las partes conforme a lo establecido en el punto 6 del Acuerdo General de agosto de 2012, sea responsables de que estas personas se encuentren a disposición de dicha jurisdicción en los mismos lugares donde se concrete el proceso de reincorporación a la vida civil que se acuerden para los demás integrantes de las FARC-EP o en otros domicilios que puedan proponer los excarcelados, previa aprobación de la autoridad, todo lo cual será comprobado por ese mismo mecanismo de verificación propio de la JEP acordado por las partes conforme a lo establecido en el punto 6 del Acuerdo General de agosto de 2012. La autoridad o el mecanismo que se establezca en la ley de amnistía será responsable del traslado de las personas excarceladas hasta los lugares donde estarán a disposición de la JEP. Las personas excarceladas, a elección propia y previa aprobación de la autoridad competente, se trasladarán a su domicilio, a los lugares donde se concrete el proceso de reincorporación a la vida civil de las FARC-EP, o a cualquier otro lugar que propongan al mecanismo o autoridad competente para decidir sobre ello. Tanto los integrantes de las FARC-EP, como las personas que no se reconozcan como tales, y hasta que entre en funcionamiento la JEP, quedarán bajo la supervisión del mecanismo de verificación antes indicado y determinado por las partes.
Respecto a los acusados o condenados por delitos amnistiables, los integrantes de las FARC-EP liberados o aquellos liberados que no se reconozcan como integrantes de las FARC-EP, quedarán en libertad a disposición de la Jurisdicción Especial para la Paz.
Una vez entre en funcionamiento la JEP, todos los liberados o excarcelados comparecerán ante la misma para que la Sala de Amnistía e Indulto, la Sala de Verdad y reconocimiento de responsabilidad, la Sala de definición de situaciones jurídicas o la Sección de Revisión del Tribunal para la Paz o cualquiera otra que sea competente, resuelvan su situación. La liberación o excarcelación no supondrá la extinción de responsabilidades de los liberados hasta que por la JEP se resuelva la situación individual de cada uno en cada caso.
También serán liberadas las personas condenadas o investigadas por delitos de asonada, obstrucción de vías públicas, lanzamiento de sustancias peligrosas, violencia contra servidor público, perturbación del servicio de transporte público, daños en bien ajeno, lesiones personales y demás delitos ocasionados en el marco de la Ley de Seguridad Ciudadana, cuando se trate de contextos relacionados con el ejercicio del derecho a la protesta o disturbios internos, que manifiesten su voluntad de quedar sometidas a la JEP y comparecer ante la Sala de definición de situaciones jurídicas para solicitar la aplicación de mecanismos de cesación de procedimientos con miras a la extinción de la responsabilidad, todo ello conforme a lo establecido en el numeral 64 del Acuerdo de creación de la JEP. En este caso también quedarán bajo la supervisión de la JEP cuando haya entrado en funcionamiento, o del mecanismo de verificación determinado por las partes conforme a lo antes indicado, cuando la JEP no haya entrado en funcionamiento, los cuales definirán la situación de libertad condicional, el régimen de la misma y la supervisión de tal situación por la JEP hasta que resuelva la Sala de definición de situaciones jurídicas, o la Sala o Sección de la JEP que resulte apropiada.
En todos los casos anteriores, por las distintas autoridades que hayan de tomar las decisiones antes indicadas y conforme al principio de favorabilidad que rige la JEP, se deberán tener en cuenta los periodos de prisión cumplidos por los excarcelados respecto a las sanciones que en su caso podrían ser impuestas por la JEP.