El informe de la JEP sobre falsos positivos que empezará a juzgarse abarca los años 2002 al 2008 en los dos períodos en los que Álvaro Uribe fue presidente. Relaciona 6402 víctimas de ejecuciones extrajudiciales, que supera los 2.248 casos de falsos positivos documentados por la Fiscalía. Cinco Ministros de defensa serán en su momento llamados a responder y dar explicaciones. Comienza con Marta Lucía Ramírez, le siguen Jorge Alberto Uribe, Camilo Ospina y terminan con Juan Manuel Santos quien destapó el comportamiento irregular de algunos militares y se lo hizo saber al Presidente Uribe. Fueron destituidos de inmediato varios oficiales.
Camilo Ospina quien reemplazó a Uribe fue quien abrió la puerta jurídicamente para que se disparara este comportamiento que derivó en el asesinato de inocentes. Fue el quien firmó la Directiva Ministerial Permanente 29 de 2005 que creó incentivos en las Fuerzas Armadas, se pagarían recompensas por información que llevara a capturar o abatir miembros de grupos armados. Los montos iban desde los 4 millones de pesos para soldados rasos, hasta $ 5 millones para los altos mandos. El dramático resultado queda explícito en esta gráfica elaborada por la JEP:
Gráfica suministrada por la JEP
El último de los Ministros y quien reemplazó a Santos cuando renunció para aspirar a la presidencia fue Gabriel Silva Luján quien tomó las riendas del Ministerio de Defensa en medio del escándalo de los falsos positivos. Ya Santos había trazado los lineamientos para frenar este comportamiento delincuencial con duras sanciones pero Silva lo continuo y las denuncias de las víctimas disminuyeron notablemente.
