Sin haber completado dos meses de haber puesto sus aviones de nuevos en el aire, Avianca ya empezó a tener problemas serios con los usuarios. La Superintendencia de Transporte está investigando a la aerolínea por la vulneración de los derechos de los pasajeros, al no cumplir varias obligaciones con los usuarios, entre ellas, la de transportarlos de un destino a otro y responder correctamente a solicitudes de reembolso incluir condiciones abusivas en los términos y condiciones para redimir los boucher o bonos entregados, y no entregar información clara a los usuarios, entre otros cargos.
La Supertransporte abrió investigación al formular 17 cargos contra Avianca. En caso de ser encontrada responsable, la empresa podría ser multada hasta por 21.950 salarios mínimos legales mensuales vigentes, equivalentes a aproximadamente $19.267 millones.
El Presidente de la compañía, el holandés Anko van der Werff, se había comprometido a tramitar con transparencia los miles de reembolsos y solicitudes de cambios de vuelos ocasionados por la pandemia, entendida como una fuerza mayor.