Como presidente de la Sección de Revisión del Tribunal especial de paz tomó una decisión en contravía del Fiscal General: asumir la competencia de la JEP en el caso de la extradición de Jesús Santrich. Bobadilla, abogado de la Universidad Nacional con varios posgrados, tiene 15 años de recorrido en la rama judicial: funcionario de la Fiscalía, juez penal y civil, además de defensor público, magistrado en los tribunales de Pasto y Bogotá y profesor universitario.
Pero fue en 2007, como coordinador académico de la Defensoría del Pueblo en el Huila, cuando tomó una posición firme contra las medidas de la Seguridad democrática del entonces presidente Uribe que ordenaban redadas en las zonas rurales, así como capturas masivas bajo señalamientos de supuestas colaboraciones de los pobladores con las Farc. Bobadilla salió en defensa de las libertades y los derechos individuales con argumentos similares a los que ha esgrimido para aproximarse al caso Santrich.
