Amenazado por distintos factores humanos, la cuenca del río Mocoa aún conserva la posibilidad de seguir estando viva. Este afluente se alimenta principalmente de aguas provenientes de la cordillera central, tomando gran cauce en la ciudad de Mocoa, con la que comparte nombre, para desembocar finalmente en el río Caquetá.
Es evidente que el papel que juega este río en el departamento del Putumayo es fundamental, sobre todo en la conservación de su biodiversidad (tanto de fauna como de flora), siendo parte del piedemonte amazónico. Además, es una de las fuentes hídricas más grandes que posee el municipio.
En el pasado, las personas del campo y la ciudad, principalmente las jóvenes, disfrutaban de los días soleados en sus aguas, donde también algunos campesinos practicaban la pesca artesanal, que hacía parte de su economía. Sin embargo, al encontrarse una urbe tan cerca, este ha sido propenso a recibir afecciones nocivas contra la vida que posee y contra todo aquello que representa.
Un poco antes del inicio de la construcción de la vía perimetral para carga pesada, que comenzó en 2018, ya se estaba desplazando el cauce del río con maquinaria pesada (como retroexcavadoras y volquetas). Así mismo, se empezó a extraer gran cantidad de material para la construcción de la obra, lo cual estuvo aprobado por las entidades ambientales correspondientes.
No obstante, al día de hoy (3 de diciembre de 2020), aunque la construcción de esta carretera ya culminó, se siguen extrayendo grandes cantidades de material para construcción. Esto ha provocado que el cauce del río haya disminuido de manera drástica y considerable.
Para la muestra, hace aproximadamente cinco años era casi imposible cruzar este afluente nadando, mientras que en la actualidad se puede atravesar caminando. Es tal el descenso que en algunas zonas el agua no supera la altura de las rodillas.
Las autoridades ambientales pertinentes parecen no manifestarse frente a esta ni a muchas otras situaciones de orden medioambiental que atañen la vida de sus ríos, que aún tienen la posibilidad de seguir estando vivos.