El actual comandante de las fuerzas militares Juan Pablo Rodríguez y el del Ejercito Jaime Lasprilla, más otros seis generales que aún están activos y con responsabilidades de mando, fueron jefes en los batallones donde se registraron cerca de 6 mil falsos positivos entre 2002 y 2014: durante el gobierno Uribe 5.326, y 267 casos investigados en lo que lleva Santos. Siete de ellos aún no tienen investigaciones, en contraste con los cuatro generales que fueron llamados por la Fiscalía: el excomandante del Ejército Mario Montoya; el excomandante de la Fuerza de Tarea Conjunta general Ricardo Bernal; el exjefe de Planeación y Transformación del Ejército general Jorge Salgado y el general Henry William Torres, excomandante de la Quinta División.
General Juan Pablo Rodríguez: Entre 2002 y 2004 estuvo al frente del comando operativo número 7 en el Cesar y la Guajira. Actual Comandante de las Fuerzas Militares.
General Jaime Lasprilla: Durante 2006 y 2007 comandó la Novena Brigada en el Huila; 75 casos de falsos positivos. Actual Comandante del Ejército.
General Henri William Torres: Entre 2005 y 2007 se desempeñó como comandante de la Décima Sexta Brigada en Casanare; 85 casos de falsos positivos. Actual comandante del comando conjunto número 2 del occidente.
General Hernán Giraldo Restrepo: entre 2004 y 2006 comando la décima Brigada Blindada en la Guajira y Cesar; 72 casos de falsos positivos. Actualmente es jefe de la junta asesora para el tema de derechos humanos en Washington.
General Nicasio de Jesús Martínez: comandante entre 2004 y 2006 de la Décima Brigada en la Guajira; 72 casos de falsos positivos. Actual comandante de la Quinta División.
General Emiro José Barrios: entre 2006 y 2009 fue jefe de comando operativo en caldas y comandante de la octava brigada; 30 casos de falsos positivos. Actual comandante fuerza de tarea Júpiter
General Jorge Enrique Navarrete: Fue comandante entre 2004 y 2006 del Grupo de caballería mecanizado número 2 en la Guajira; 24 casos de falsos positivos. Actualmente es comandante de la Séptima Brigada
General Juan Carlos Piza Gaviria: comandante cuarta brigada en Antioquia; 20 casos de falsos positivos.
