En las audiencias de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) en las que el exjefe paramilitar Salvatore Mancuso está aportando su verdad han aparecido nombres de militares, policías, funcionarios, instituciones y empresas en las que está mencionada Ecopetrol. Sin embargo, no preciso fechas. La desmovilización de esta organización criminal fue en el gobierno del Álvaro Uribe en el 2006.
Una de las prácticas más comunes de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) era el robo de combustible, lo cual, según Mancuso, era gracias a que funcionarios de la propia empresa dejaban las válvulas abiertas y se hacían los de la vista gorda. Esto ocurría regionalmente.
El hecho que sí está documentado fue el de la masacre de Barrancabermeja, el cual aparece en un informe de la Comisión de la Verdad. El 16 de mayo de 1998 la organización criminal asesinó a 7 personas y desapareció a otras 25 en el corregimiento de San Rafael Lebrija en Rionegro, Santander, en lo que se conoce como la irrupción oficial de las autodefensas en dicho departamento. La Comisión de la Verdad indica que los paramilitares que cometieron esta atrocidad contaron con el apoyo de personal de seguridad de Ecopetrol, particularmente de José Eduardo González, exjefe de seguridad de la petrolera.
Entre 1997 y 1998 el presidente de Ecopetrol fue el santandereano Enrique Amorocho, un ingeniero químico que trabajó durante más de 20 años en la petrolera hasta retirarse en 1990 cuando ocupaba el cargo de vicepresidente de Refinación y Transporte y que luego volvió en noviembre de 1997 para reemplazar a Antonio Urdinola en la presidencia.
Amorocho estuvo en el cargo hasta que el expresidente Andrés Pastrana decidió nombrar al economista Carlos Rodado Noriega, quien estuvo hasta el año 2000.
Además de la acusación de permitirle extraer combustible a las AUC, Mancuso nombró a la petrolera cuando fue preguntado por quiénes eran los financiadores de su organización. El guante también le cayó a Postobón y a Bavaria.
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