Aunque Jair Orlando Fajardo, director de la Aeronáutica Civil, llegó con el apoyo del conservador Juan Diego Gómez, presidente del Senado, Iván Duque lo declaró insubsistente del cargo a un mes de la llegada del nuevo gobierno de Gustavo Petro por incompetencia en tareas claves y presunto clientelismo con tres aeropuertos clave: Alfonso Bonilla Aragón en Cali, Rafael Núñez en Cartagena y Ernesto Cortissoz en Barranquilla. Además, habría influído las obras que no tuvieron una buena ejecución como la de Popayán y Providencia después del huracán Iota. Todo se encuentra en proceso de investigación.
A esto se le suma, los rumores sobre la mala relación entre Ángela María Orozco, ministra de Transporte, y Jair Orlando Fajardo quien tomó las riendas de la Aeronáutica Civil el 6 de julio de 2021 después de tener altos cargos en el Instituto Geográfico Agustín Codazzi, Dane e Instituto Colombiano Agropecuario. La manzana de la discordia había sido el contrato de Aerocafé que Jair Orlando Fajardo incumplió y la ministra de Transporte no se lo perdonó.
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