Fue el ataque al campamento de Raúl Reyes, en marzo del 2008, el que involucró a Rodrigo Granda con el secuestro, tortura, violación y posterior asesinato de Cecilia Cubas, hija del expresidente del Paraguay Raúl Cubas, quien estuvo en el poder sólo un año, entre 1998 y 1999. En visitas hechas en Venezuela entre los años 2003 y 2004, Osmar Martínez, un político paraguayo de izquierda radicalizado en la lucha armada con su movimiento Patria Libre, habría viajado a Caracas, bajo el auspicio de Hugo Chávez, entonces presidente de Venezuela, para programar la logística que acompañó el secuestro.
Este ocurrió en el caluroso atardecer del 21 de septiembre de 2004. Salía de su casa en el exclusivo sector de Laguna Grande en San Lorenzo, Asunción, la capital de Paraguay. Fueron semanas sin saber de Cecilia, una exitosa empresaria de 31 años. Al principio pedían 300 mil dólares por el rescate. Todo el proceso del secuestro era muy parecido al que tenían en Colombia los guerrilleros de las FARC; sin embargo, en ese momento ni siquiera se sospechaba que Granda, como canciller del grupo guerrillero se habría reunido con el líder de Patria Libre.
La familia del expresidente Cubas pagó el rescate y durante semanas no se supo nada más. El silencio terminó de la peor manera: encontraron, cinco meses después, el 15 de febrero de 2005, el cuerpo de la joven en un allanamiento ordenado por el Ministerio Público en un barrio de la ciudad de Ñemby a 75 kilómetros de Asunción. La joven llevaba un mes muerta. El dictamen forense no puede ser más escabroso: la mujer fue torturada, violada y enterrada viva antes de morir. Desde entonces la familia del expresidente paraguayo ha pedido justicia. Esta se le ha otorgado de manera parcial.
Hasta el momento se han dado 20 sentencias, entre 5 y 35 años, para los guerrilleros que formaron parte del plan. Solo había un cabo suelto, y este, según las autoridades paraguayas, era colombiano. El pasado 19 de octubre Rodrigo Granda llegó con una delegación del partido Comunes a Ciudad de México, al XXV Seminario Internacional Los Partidos y la Nueva Sociedad, acompañado por la plana mayor entre los que se contaba el líder máximo Rodrigo Londoño. Sin embargo no se esperaba que la circular roja de Interpol, seccional Paraguay, ya reposaba entre las autoridades mexicanas y que habría sido activada durante el vuelo. En febrero de este año, el diario paraguayo La Nación había advertido sobre esta circular roja que pesaba sobre Granda. Sin embargo el excomandante viajó a México desprevenido y creyendo que con el permiso que le otorgaba la JEP, entre el 19 y 26 de octubre, era suficiente. Sin embargo, no sabía que el gobierno paraguayo lo buscaba con urgencia.
Una vez impidieron la entrada de Granda en México, Carlos Antonio Lozada alertó sobre lo que había sucedido. Inmediatamente le echaron la culpa directamente al gobierno colombiano de estar detrás de esta supuesta captura y de haber dado la orden de hacer efectiva la circular roja.
Lo cierto es que Rodrigo Granda, que estuvo detenido por cerca de 10 horas en migración en Ciudad de México, al final recibió el permiso del gobierno de AMLO para entrar al país azteca, pero el exjefe guerrillero prefirió tomar un vuelo en la madrugada con rumbo a Bogotá. Por su parte, Paraguay se quedó con las ganas de sentarlo frente a la justicia por este atroz delito en el que lo han involucrado, y aunque tenían la esperanza de que México lo extraditara, Granda agarró sus maletas y se regresó a Colombia, donde está más seguro.