Después de la disolución de la Gran Colombia y el nacimiento de la república de la Nueva Granada en el siglo XIX, la representatividad política del clero en el Senado fue de un tercio y una cuarta parte en la Cámara. En criterio del historiador, Gonzalo España, el clero fue el mayor y más organizado poder opuesto a las fuerzas que impulsaron las reformas que se requerían para la modernización del Estado en materia económica, políticas sociales y educativas en el siglo XIX.
Por la oposición recurrente del clero a las reformas liberales se desencadenaron varios conflictos y guerras en el siglo XIX. El clero fue el principal tutor y aliado de las fuerzas políticas más oscurantistas y retardatarias que se oponían a las reformas de las instituciones y la economía ligada a la herencia del feudalismo colonial español. En 1844, el clero y las fuerzas políticas que originaron el nacimiento del partido conservador hacen una reforma educativa que les permitió tener el control de la educación en el país.
En efecto, transformaron a la educación y el púlpito en dos de sus más poderosos instrumentos del adoctrinamiento político. Fue cuando los liberales en el primer gobierno de Tomás Cipriano de Mosquera (1845 a 1849) y luego en el de José Hilario López (1849-1853), decretan la libertad de los esclavos, de enseñanza y de culto, ordenan las expropiaciones de sus grandes propiedades y expulsan a los Jesuitas. De allí en adelante durante el resto del siglo XIX y parte del siglo XX, el clero en alianza con los conservadores desarrolla una férrea oposición a las reformas económicas y políticas que buscaron modernizar el país.
Y es dentro de ese contexto que en la segunda mitad siglo XIX surgen dos figuras políticas que simbolizan los enfrentamientos políticos entre liberales, conservadores y el clero: Tomás Cipriano de Mosquera y Rafael Núñez. Los dos no solo simbolizan los cambios de partidos políticos de los dirigentes políticos colombianos, sino que fueron dos de los protagonistas más importantes del papel del clero en las disputas políticas en la segunda mitad del siglo XIX.
Tomás Cipriano de Mosquera Figueroa, fue un político y militar caucano, miembro de una de las familias de esclavistas, terratenientes y comerciantes más ricas e influyentes del país en el siglo XIX. El único colombiano que ha sido cuatro veces presidente: de 1845 a 1849; de 1861 a 1863; de 1862 a 1864 y de 1866 a 1867.
Fue uno de los caudillos políticos y militares más influyentes, más reformistas y más progresistas en el país en la segunda mitad del siglo XIX. Siendo un líder del partido conservador por las rivalidades dentro del mismo se convirtió en liberal y en la guerra de las soberanías de 1860 a 1862, derrotó al gobierno conservador de Mariano Ospina Rodríguez, decretó el proceso de desamortización de los bienes de manos muertas y dispuso que todas las propiedades de la Iglesia católica pasaran a ser propiedad del Estado.
Después de la derrota del gobierno de la Confederación Granadina de Ospina, convocó la Convención de Rionegro en 1863, promulgó una nueva constitución donde consolidó las bases de la federalización del país de 1863 a 1886. Su segundo y tercer gobierno fueron marcados por una profunda ruptura política con el clero, volvió a expulsar a los Jesuitas, confiscó los bienes eclesiásticos como fincas, tierras, conventos, monasterios y decreto la libertad de culto dejando iglesias y capillas abiertas.
En opinión del historiador Roberto Luis Jaramillo, uno de los grandes problemas que se presentó el proceso de desamortización fue el ocultamiento de bienes eclesiásticos por una política sistemática de testaferrato que desarrollo el clero. Inclusive “el gobierno ofreció recompensas a los que denunciaran la existencia de los bienes ocultos de la iglesia”. En Antioquia por su tradición clerical fue el Estado donde la Iglesia logró ocultar más bienes.
Fueron 17 años del control del poder por el liberalismo que puso en marcha las más avanzadas reformas entre las cuales la reforma educativa de 1870, mediante la cual adoptó un sistema educativo laico de la libertad de cátedra, cambios curriculares y pedagógicos con la contratación de una misión alemana para transformar los métodos de enseñanzas. El descontento que generó dicha reforma en el clero y los conservadores fue el motivo que los llevó a declarar la guerra contra el gobierno de Aquileo Parra en 1876, conocida como la guerra de las escuelas. Finalmente, el clero y los godos fueron derrotados, pero los enemigos políticos sentaron las bases para la sepultura del sistema federal en 1886.
