En el bloqueo a su funcionamiento, impulsado por la bancada más ultraconservadora del Centro Democrático y el presidente electo Iván Duque, hay razones ocultas que se quieren escudar en formalismos legales y en propuestas, supuestamente, para favorecer a los militares y “defender su dignidad”, como las vociferadas por la senadora Paloma Valencia, pero rechazadas por los mismos militares, como lo expresó públicamente el Comandante General del Ejército, general Mejía, cuando hizo un llamado a senadores y representantes a tramitar lo relacionado con el funcionamiento de la JEP, para no exponer a los militares a riesgos futuros como el ser juzgados por la Justicia Penal Internacional, que está pendiente de lo que suceda en Colombia con lo acordado en el acuerdo de paz con las Farc, y especialmente en lo relacionado con la efectiva reparación a las víctimas, no repetición de la violencia y el conocimiento de la verdad contada sin reservas por todos los actores en conflicto, como lo son: los guerrilleros, paramilitares y militares involucrados con estos, al igual que particulares, empresarios y políticos que planearon y financiaron acciones de guerra irregular contra numerosos habitantes de veredas y municipios que fueron masacrados y desplazados de sus territorios, y quienes voluntariamente y no presionados, decidan contar la verdad a cambio de penas de reclusión mínimas so riesgo de ser juzgados y condenados con mayor rigurosidad, por la justicia ordinaria.
Según declaraciones del excandidato presidencial Gustavo Petro detrás del boicoteo al normal funcionamiento de la JEP está Álvaro Uribe Vélez y sus más fieles escuderos, pues el expresidente y senador le teme a JEP, y a que los militares se sometan a ella, porque cantando para arriba, sobre los máximos jefes de las AUC creadas a partir de las Convivir, inevitablemente llegan a donde él, su hermano Santiago y otros personajes que no quieren que se conozca la verdad.
La JEP es para que canten no solo los guerrilleros. Ya el comandante del ejército Mejía llamó a los congresistas a agilizar su trámite y los que más se oponen a que los militares comprometidos en falsos positivos y apoyo a los paramilitares cuenten la verdad son algunos generales y altos oficiales de la reserva de las fuerzas armadas, quienes temen que se conozca su papel en la guerra sucia y están afiliados al Centro Democrático.
El expresidente Uribe también está comprometido con la investigación que adelanta la Corte Suprema por presionar a Monsalve y otros testigos, sin incluir a algunos misteriosamente asesinados, para que cambien su versión e involucren al senador Iván Cepeda en manipulación de testigos, tal como acaba de denunciarlo en su reciente columna en la revista Semana, Daniel Coronel, pero el magistrado Barceló quien tiene a su cargo la investigación que se adelanta en la recolección de pruebas con asesoría de agencias de seguridad europeas, no se atreve a tomar medidas que afecten al popular expresidente y hoy senador del CD y mentor tras la sombra del electo presidente Duque.
Mientras tanto, otros políticos y abogados de Opción Ciudadana al demandar la elección de Mockus, por supuesta inhabilidad intentando debilitar los pocos espacios que en el Congreso ganó la oposición al bloque mayoritario que con la volteada de los que cogobernaron con Santos, se le ofrecieron al electo presidente Duque, con el fresco expresidente Gaviria a la cabeza.