La creación del Frente Nacional (1958) origina el distanciamiento de los universitarios frente a los partidos Liberal y Conservador. A lo largo de la década del sesenta, uno de los temas fue la autonomía universitaria: el gobierno de las universidades, mediante órganos integrados por los estudiantes y profesores, dado que las universidades no se encontraban en manos de los docentes y de los alumnos, fueran academias oficiales, departamentales, privadas religiosas y privadas seculares.
En el año (1960) la intervención directa del Arzobispo de Popayán llevó a la destitución y nombramiento del rector de la Universidad del Cauca. No se puede olvidar que para ese entonces la iglesia tenía un representante en las universidades oficiales, dada la vigencia del Concordato de 1887. La iglesia supervisaba la educación en lo relativo a la fe y a la moral cristiana. En el año de 1961, los estudiantes de la Universidad de Antioquia pedían el cogobierno y, bien pronto la universidad fue militarizada. En 1962, los estudiantes de la Universidad Nacional se solidarizaron con la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Tunja después de los abusos cometidos por la fuerza militar…
La Federación Universitaria Nacional (FUN) fue creada por 17 universidades (1963), y agrupó a diversas organizaciones. En el arco comprendido entre 1964-1969 “la politización (estimulada por la Revolución cubana), la oposición al régimen durante los primeros años del Frente Nacional, así como las posiciones anti-imperialistas asumidas por el movimiento estudiantil” delimitaron el tipo de reivindicaciones que condujeron a la radicalización. La FUN apoyó las iniciativas de Camilo Torres Restrepo. La llegada de Carlos Lleras Restrepo a la presidencia llevó a la represión estudiantil. En agosto de 1966 es militarizada la ciudad de Medellín, por encontrarse la Universidad de Antioquia en huelga. Y, con el incidente del presidente y John D. Rockefeller, en la Universidad Nacional, (Bogotá) se disolvieron los organismos de representación estudiantil, y se dio fin a la extraterritorialidad de la U.
Una de las discrepancias fue la propuesta de reforma universitaria, el Plan Básico (1967), que buscaba ‘tecnificar’ la universidad, adecuándola a la esfera económica del país, arrinconando las humanidades y la cultura, pues “el pensamiento crítico no es importante en la educación para el crecimiento económico”. La reforma universitaria, que venía de fuera, de las universidades estadounidenses y, bajo la supervisión de organismos financieros norteamericanos, hizo que los estudiantes se revelasen contra la injerencia en la educación. Rechazaron tal intervención como forma de penetración imperialista.
Con el Frente Nacional la condición de un sector del estudiantado se radicalizó. Los grupos más activos del estudiantado consideraron que se debía caminar hacia el socialismo, para lo cual había que dejar el reformismo y convertirse en revolucionario. No es de extrañar que los estudiantes en torno a la lucha por la autonomía y el anti-imperialismo llegasen a la huelga a los paros, al enfrentamiento con la fuerza disponible…y al “cierre de universidades”. La continuidad de las manifestaciones, enfrentamientos, brotes de violencia de las luchas estudiantiles fueron perdiendo su atractivo y respaldo popular. Con ello el prestigio de las universidades oficiales decayó y, en el horizonte se fue configurando la conveniencia de la universidad privada.
