Mejía Abello fue nombrado fiscal delegado ante la Corte Suprema de Justicia por Eduardo Montealegre en febrero de 2014, luego de haber sido magistrado auxiliar del alto tribunal desde 2010. Aunque formalmente estaba adscrito al equipo de la magistrada María del Rosario González, este mantuvo siempre una relación de cercanía con Bustos. De hecho, fue el propio Bustos el que presionó dentro de la corte en 2012 para que Mejía Abello, su protegido, reemplazara al magistrado estrella de la parapolítica Iván Velásquez –actualmente Velásquez es Comisionado de la Comisión Internacional contra la Impunidad y trabajó contra la corrupción en Guatemala, mandando a la cárcel al presidente Otto Pérez Molina–, víctima de seguimientos y señalamientos por sus investigaciones al frente de la Comisión de Apoyo Investigativo de la Sala Penal, encargada de investigar las relaciones de los paramilitares y los congresistas. Velásquez tuvo que salir del país por volverse la piedra en el zapato de varios magistrados y congresistas que estaban dispuestos a pagar para salir bien librados de los procesos en su contra.
Carlos Mejía Abello también estuvo vinculado a la Unidad Antinarcóticos de la Fiscalía en 2004, sin embargo el entonces fiscal Luis Camilo Osorio ordenó investigarlo por las presuntas relaciones que tenía con el narcotráfico. Luego de ser sometido al polígrafo, Mejía Abello fue separado de su cargo por no pasar la prueba. Pero poco después fue reintegrado tras presentar una tutela en la que argumentaba que su buen nombre había sido injuriado. La Corte Constitucional tumbó la resolución y Mejía Abello fue reintegrado en la Fiscalía.
En 2010 Carlos Iván Mejía Abello pasó a ser magistrado auxiliar de la Corte Suprema de Justicia y se convirtió en uno de los hombres cercanos a Leonidas Bustos. Bustos, presidente de la Corte entre 2012 y 2014, también movió sus cartas en la procuraduría de Ordóñez, con quien mantuvo una relación de favores por los nombramientos de su ex esposa Ana Josefa Velasco y su actual esposa Martha Cristina Pineda Céspedes, para nombrar al hermano de Carlos Iván, Jairo Enrique Mejía Abello, como procurador judicial penal de Bogotá.
Mientras estaba en la Comisión de Apoyo Investigativo de la Sala Penal, el nombre de Mejía apareció relacionado en 2013 con las investigaciones dentro de la Corte después de que algunas pruebas como el testimonio del paramilitar Carlos Mario Jiménez, alias ‘Macaco’, desaparecieran de los archivos. El testimonio relacionaba a los exgobernadores del Valle Juan Carlos Abadía y Mauricio Guzmán Cuevas, entre otros, de haberse reunido con el bloque Calima de las AUC para recibir su apoyo en la región.
Al pasar a la fiscalía de Montealegre en 2014 como delegado ante la Corte, a Mejía Abello se le asignaron los casos contra Santiago Uribe Vélez, relacionado con la creación del grupo paramilitar Los 12 Apóstoles; y la excontralora Sandra Morelli, investigada por presuntas irregularidades en la venta de la sede de la Contraloría y el arriendo de nuevas oficinas, además de mantener una fuerte disputa con Montealegre tras acusarlo de estar beneficiando a los directivos de Saludcoop y no avanzar en los procesos penales contra ellos.
Ahora, Mejía Abello es el encargado, como fiscal delegado ante la Corte, de investigar a los que fueron clientes de Bustos.
