Marco Lino Tamayo despacha en Bogotá, a la distancia de donde suceden los eventuales problemas de violaciones de Derechos Humanos de las Fuerzas Militares. Es el jefe de esa dirección en el Ejército Nacional.
Aunque no tiene condenas en su contra sus actuaciones han estado ensombrecidas por una serie denuncias realizadas por los fiscales responsables de investigar casos de falsos positivos. En varias comunicaciones enviadas al director del Sistema Penal Acusatorio Camilo Burbano, los mismos fiscales lo han acusado de obstaculizar y entorpecer una serie de investigaciones que buscan esclarecer asesinatos selectivos y extrajudiciales cometidos por el Ejército Nacional.
El 26 de mayo de 2015 el director de la Fiscalía Nacional Especializada en derechos humanos Misael Fernando Rodríguez le envió esta carta a Camilo Burbano en la que lo pone en conocimiento de una serie de irregularidades a la hora de adelantar inspecciones judiciales en los batallones del país. El caso particular fue denunciado por el fiscal 67 especializado de Valledupar. En la comunicación se afirma que el general Marco Lino Tamayo impidió realizar una inspección que buscaba hacerle peritaje a un arma que se habría utilizado en un crimen. En ese momento el General Tamayo argumentó que ya que había acordado con el Fiscal General Eduardo Montealegre que cualquier inspección judicial, ´´debía ser informada con varios días de anticipación y que además se tenía que convocar a un procurador judicial´´. Así, con el mismo argumento, Tamayo habría logrado entorpecer el trabajo de diversos fiscales en varias ocasiones.
Pero no es la única denuncia que ronda al general Marco Lino Tamayo. El 12 de marzo de 2015 el fiscal 47 especializado Fabio Hernando Rebellón se quejó a través de esta carta enviada al mismo Fiscal especializado Misael Rodríguez, denunciándolo por presuntas irregularidades en la asignación de centros de reclusión para militares cobijados con medida de aseguramiento, proceso a cargo del general Tamayo.
Según la comunicación se estaría dando un manejo discrecional a la asignación de estos cupos, de tal suerte que en muchos casos esto habría derivado en obstáculos para adelantar las investigaciones por falsos positivos. El fiscal 47 pone como ejemplo el caso de tres coroneles cuyos abogados lograron que fueran recluidos en Bogotá y Barranquilla, pese a que la investigación se adelanta en Antioquia, con lo cual se ha logrado dilatar la investigación por la dificultad a la hora de levantar pruebas y recoger sus testimonios, "vulnerando el principio de celeridad y eficiencia en la administración de justicia".
Todos estos casos cobran relevancia en la medida que el Senador Iván Cepeda se ha tomado el trabajo de recopilar las pruebas, buscando dejar una constancia en la Comisión Segunda del Senado, donde se tramitarán los ascensos de 39 oficiales de la fuerza pública. De la presentación que realice el ministro Luis Carlos Villegas y la ponencia de la congresista conservadora Nidia Marcela Osorio, depende la suerte del General Tamayo en su aspiración de llegar al más alto grado como Mayor General en la institución.