Uno de los cargos que le hizo la Corte Suprema de Justicia al exministro de agricultura de Álvaro Uribe, su pupilo Andrés Felipe Arias, fue haber utilizado el programa bandera del sector rural Agro Ingreso Seguro (AIS) para compensar favores políticos al demostrar que muchos de los beneficiados con el subsidio habían aportado a la campaña del expresidente Uribe. Andrés Felipe Arias no pudo explicar en el juicio en su contra que estos cruces no habían existido y esta prueba pesó sobre la condena de 17 años por la cual es requerido por la justicia colombiana. En un fallo leído por la magistrada María del Rosario González el 16 de julio de 2014 el exministro fue condenado por los delitos de peculado por apropiación a favor de terceros y celebración de contratos sin el cumplimiento de los requisitos legales.
Andrés Felipe Arias viajó a Estados Unidos al momento del fallo y desde entonces permanece en Miami donde logró un permiso especial de trabajo y donde se tramita su asilo, aduciendo persecución política. Cuando aún no había concluido el proceso legal que lo habría amparado para permanecer protegido por el gobierno de Estados Unidos se hizo efectiva la semana pasada la orden de extradición por parte del gobierno colombiano. El ex Presidente Uribe insiste en que esta decisión fue presionada por el gobierno Santos para golpear a una persona de sus entrañas, como es el exministro de agricultura.
Uno de los delitos que más le pesó a Andrés Felipe Arias fue el haber utilizado el programa estrella del gobierno Uribe en el sector rural para compensar favores políticos. Esta lista de 45 empresarios del agro que fue presentada en el debate en el Congreso por el senador del Polo, Jorge Enrique Robledo, muestra la cercanía de los beneficiarios del subsidio con el expresidente Álvaro Uribe. Fueron aportantes a la campaña presidencial que lo llevó a la Presidencia en el 2002.
Las contribuciones a la campaña de Uribe en el 2002 sumaron $600 millones y según la Corte Suprema multiplicaron su inversión logrando con el subsidio una alarmante tasa de retorno hasta del 25.410%, cómo es el caso del empresario Luis Carlos Sarmiento Angulo que a través de las empresas Unipalma S.A.; Pizano S.A. y la Organización Pajonales, le entregó $50 millones a la campaña presidencial y a la postre resultó beneficiado con subsidios de riego y drenaje por más de $12 mil millones de pesos. Tanto Robledo en su debate como la Corte analizaron uno a uno los casos. Andrés Felipe Arias fue uno de los ministros estrella del gobierno de Uribe y salió catapultado como candidato a la Presidencia de la República, aspiración que se le frustró cuando Noemí Sanín lo derrotó en la consulta interna del Partido Conservador. Los propósitos electorales del exministro Arias también pesaron en su contra a la hora de relacionar el proyecto político Uribista con el programa AIS, que entregó recursos por más de 233 mil millones de pesos entre los años 2006 y 2009.